source: trunk/CrossPareConfigurationBuilder/src/de/ugoe/cs/crosspare/ConfigurationBuilder.java @ 143

Last change on this file since 143 was 143, checked in by sherbold, 7 years ago

Added code for SmartSHARK data.
  • Property svn:mime-type set to text/plain
File size: 30.8 KB
Line 
1package de.ugoe.cs.crosspare;
2
3import java.io.FileWriter;
4import java.io.IOException;
5import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
6import java.security.InvalidParameterException;
7
8public class ConfigurationBuilder {
9   
10    private static enum Dataset {MDP, JURECZKO, FILTERJURECZKO, AEEEM, RELINK, NETGENE, SELECTEDJURECZKO, AEEEM_LDHH, AEEEM_WCHU, AEEEM_LDHHWCHU, SMARTSHARK_ALL, SMARTSHARK_AST, SMARTSHARK_SM}
11   
12    private static final String storageFolder = "config/";
13   
14    public static void main(String[] args) {
15        for( Dataset dataset : Dataset.values() ) {
16            // baselines
17            writeFile("ALL", dataset);
18            writeFile("CV", dataset);
19            writeFile("Random", dataset);
20            writeFile("Trivial", dataset);
21            // publications
22            writeFile("Koshgoftaar08", dataset);
23            writeFile("Watanabe08", dataset);
24            writeFile("Turhan09", dataset);
25            writeFile("Zimmermann09", dataset);
26            writeFile("CamargoCruz09", dataset);
27            writeFile("Liu10", dataset);
28            writeFile("Menzies11", dataset);
29            writeFile("Ma12", dataset);
30            writeFile("Peters12", dataset);
31            writeFile("Uchigaki12", dataset);
32            writeFile("Canfora13", dataset);
33            writeFile("Peters13", dataset);
34            writeFile("Herbold13", dataset);
35            writeFile("ZHe13", dataset);
36            writeFile("Nam13", dataset);
37            writeFile("Panichella14", dataset);
38            writeFile("Ryu14", dataset);
39            writeFile("PHe15", dataset);
40            writeFile("Peters15", dataset);
41            writeFile("Kawata15", dataset);
42            writeFile("YZhang15", dataset);
43            writeFile("Amasaki15", dataset);
44            writeFile("Ryu15", dataset);
45            writeFile("Nam15", dataset);
46        }
47    }
48   
49    public static void writeFile(String approach, Dataset dataset) {
50        try(FileWriter writer = new FileWriter(storageFolder + dataset.toString() + "-" + approach + ".xml");) {
51            writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset));
52            writer.flush();
53        }
54        catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) {
55            e.printStackTrace();
56        }
57    }
58   
59    public static void preamble(StringBuilder configFile) {
60        configFile.append("<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\"?>\n");
61        configFile.append("<config xmlns=\"experimentconfig\" xmlns:xsi=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance\" xsi:schemaLocation=\"experimentconfig experimentconfig.xsd\">\n");
62    }
63   
64    public static void postamble(StringBuilder configFile) {
65        configFile.append(" <storage name=\"MySQLResultStorage\" param=\"\" />\n");
66        configFile.append("</config>");
67    }
68   
69    public static void trainers(StringBuilder configFile) {
70        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"NB weka.classifiers.bayes.NaiveBayes\" />\n");
71        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"RF weka.classifiers.trees.RandomForest -CVPARAM I 5 25 5\" />\n");
72        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"DT weka.classifiers.trees.J48 -CVPARAM C 0.1 0.3 5\" />\n");
73        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"LR weka.classifiers.functions.Logistic\" />\n");
74        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"NET weka.classifiers.functions.RBFNetwork -CVPARAM W 0.1 10.0 3.0 L 2.0 18.0 3.0\" />\n");
75        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"SVM weka.classifiers.functions.SMO -K weka.classifiers.functions.supportVector.RBFKernel\" />\n");
76    }
77   
78    public static void trainersBagging(StringBuilder configFile) {
79        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"WekaBaggingTraining\" param=\"NB weka.classifiers.bayes.NaiveBayes\" />\n");
80        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"WekaBaggingTraining\" param=\"RF weka.classifiers.trees.RandomForest -CVPARAM I 5 25 5\" />\n");
81        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"WekaBaggingTraining\" param=\"DT weka.classifiers.trees.J48 -CVPARAM C 0.1 0.3 5\" />\n");
82        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"WekaBaggingTraining\" param=\"LR weka.classifiers.functions.Logistic\" />\n");
83        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"WekaBaggingTraining\" param=\"NET weka.classifiers.functions.RBFNetwork -CVPARAM W 0.1 10.0 3.0 L 2.0 18.0 3.0\" />\n");
84        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"WekaBaggingTraining\" param=\"SVM weka.classifiers.functions.SMO -K weka.classifiers.functions.supportVector.RBFKernel\" />\n");
85    }
86   
87    public static void trainersLocalWhere(StringBuilder configFile) {
88        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"NB weka.classifiers.bayes.NaiveBayes\" />\n");
89        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"RF weka.classifiers.trees.RandomForest -CVPARAM I 5 25 5\" />\n");
90        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"DT weka.classifiers.trees.J48 -CVPARAM C 0.1 0.3 5\" />\n");
91        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"LR weka.classifiers.functions.Logistic\" />\n");
92        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"NET weka.classifiers.functions.RBFNetwork -CVPARAM W 0.1 10.0 3.0 L 2.0 18.0 3.0\" />\n");
93        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"SVM weka.classifiers.functions.SMO -K weka.classifiers.functions.supportVector.RBFKernel\" />\n");
94        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLocalFQTraining\" param=\"WHICH de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.WHICH\" />\n");
95    }
96   
97    public static void trainersLASER(StringBuilder configFile) {
98        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLASERTraining\" param=\"NB weka.classifiers.bayes.NaiveBayes\" />\n");
99        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLASERTraining\" param=\"RF weka.classifiers.trees.RandomForest -CVPARAM I 5 25 5\" />\n");
100        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLASERTraining\" param=\"DT weka.classifiers.trees.J48 -CVPARAM C 0.1 0.3 5\" />\n");
101        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLASERTraining\" param=\"LR weka.classifiers.functions.Logistic\" />\n");
102        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLASERTraining\" param=\"NET weka.classifiers.functions.RBFNetwork -CVPARAM W 0.1 10.0 3.0 L 2.0 18.0 3.0\" />\n");
103        configFile.append(" <trainer name=\"WekaLASERTraining\" param=\"SVM weka.classifiers.functions.SMO -K weka.classifiers.functions.supportVector.RBFKernel\" />\n");
104    }
105       
106    public static void dataset(StringBuilder configFile, Dataset dataset) {
107        switch (dataset)
108        {
109            case MDP:
110                configFile.append(" <loader name=\"NasaARFFFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/MDP\" relative=\"false\"/>\n");
111                break;
112            case JURECZKO:
113                configFile.append(" <loader name=\"CSVFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/JURECZKO\" relative=\"false\"/>\n");
114                break;
115            case FILTERJURECZKO:
116                configFile.append(" <loader name=\"CSVFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/JURECZKO\" relative=\"false\"/>\n");
117                configFile.append(" <versionfilter name=\"MinInstanceNumberFilter\" param=\"100\" />\n");
118                configFile.append(" <versionfilter name=\"UnbalancedFilter\" param=\"0.05\" />\n");
119                break;
120            case AEEEM:
121                configFile.append(" <loader name=\"ARFFFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/AEEEM\" relative=\"false\"/>\n");
122                break;
123            case AEEEM_LDHH:
124                configFile.append(" <loader name=\"ARFFFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/AEEEM_LDHH\" relative=\"false\"/>\n");
125                break;
126            case AEEEM_LDHHWCHU:
127                configFile.append(" <loader name=\"ARFFFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/AEEEM_LDHHWCHU\" relative=\"false\"/>\n");
128                break;
129            case AEEEM_WCHU:
130                configFile.append(" <loader name=\"ARFFFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/AEEEM_WCHU\" relative=\"false\"/>\n");
131                break;
132            case RELINK:
133                configFile.append(" <loader name=\"RelinkFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/RELINK\" relative=\"false\"/>\n");
134                break;
135            case NETGENE:
136                configFile.append(" <loader name=\"NetgeneFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/NETGENE\" relative=\"false\"/>\n");
137                break;
138            case SELECTEDJURECZKO:
139                configFile.append(" <loader name=\"CSVFolderLoader\" datalocation=\"benchmark/data/SELECTEDJURECZKO\" relative=\"false\"/>\n");
140                break;
141            case SMARTSHARK_ALL:
142                configFile.append(" <loader name=\"JsonFolderLoader\" datalocation=\"exp-smartshark/data\" relative=\"false\"/>\n");
143                configFile.append(" <versionfilter name=\"MinInstanceNumberFilter\" param=\"100\" />\n");
144                configFile.append(" <versionfilter name=\"UnbalancedFilter\" param=\"0.05\" />\n");
145                break;
146            case SMARTSHARK_AST:
147                configFile.append(" <loader name=\"JsonFolderLoader\" datalocation=\"exp-smartshark/data\" relative=\"false\"/>\n");
148                configFile.append(" <versionfilter name=\"MinInstanceNumberFilter\" param=\"100\" />\n");
149                configFile.append(" <versionfilter name=\"UnbalancedFilter\" param=\"0.05\" />\n");
150                configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"AttributeRemoval\" param=\"PDA LLOC PUA LOC McCC CLOC TNLM CLLC CCO TNPA NA AD NLPA NLS LDC NM TNPM LCOM5 WMC NOD RFC TNM NL NS NPA NOC CBO TNC TLLOC CI TNLG NLM NLG TNA DIT TCD TNLA NLE NG NLA TNLPA NOS CBOI NLPM LLDC CD TNG NPM CCL NOI NOP TLOC CLC CC DLOC NII TCLOC TNLS NOA TNLPM\"/>\n");
151                break;
152            case SMARTSHARK_SM:
153                configFile.append(" <loader name=\"JsonFolderLoader\" datalocation=\"exp-smartshark/data\" relative=\"false\"/>\n");
154                configFile.append(" <versionfilter name=\"MinInstanceNumberFilter\" param=\"100\" />\n");
155                configFile.append(" <versionfilter name=\"UnbalancedFilter\" param=\"0.05\" />\n");
156                configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"AttributeRemoval\" param=\"ReferenceType LambdaExpression Member TypeArgument ThrowStatement ArraySelector Declaration ClassCreator ForStatement SwitchStatement InnerClassCreator Literal TypeParameter VoidClassReference WhileStatement EnhancedForControl This Statement ForControl BinaryOperation MethodReference SuperMemberReference EnumBody FormalParameter EnumConstantDeclaration Expression PackageDeclaration VariableDeclarator AssertStatement Documented node_count DoStatement InterfaceDeclaration ReturnStatement Cast ExplicitConstructorInvocation EnumDeclaration SynchronizedStatement AnnotationMethod SwitchStatementCase MemberReference TypeDeclaration ArrayInitializer CatchClauseParameter CatchClause VariableDeclaration TryStatement Annotation TryResource MethodInvocation BasicType ElementArrayValue InferredFormalParameter IfStatement SuperConstructorInvocation BreakStatement AnnotationDeclaration FieldDeclaration Assignment ContinueStatement Import Primary BlockStatement ClassDeclaration TernaryExpression ClassReference CompilationUnit ConstantDeclaration LocalVariableDeclaration MethodDeclaration ConstructorDeclaration ElementValuePair ArrayCreator Invocation StatementExpression SuperMethodInvocation\"/>\n");
157                break;
158            default:
159                throw new InvalidParameterException("Unknown data set: " + dataset.toString());
160        }
161        configFile.append(" <versionfilter name=\"MinClassNumberFilter\" param=\"5\" />\n");
162        configFile.append(" <resultspath path=\"benchmark/results-csv\"/>\n");
163    }
164   
165    public static String ALL(Dataset dataset) {
166        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
167        preamble(configFile);
168        dataset(configFile, dataset);
169        trainers(configFile);
170       
171        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
172       
173        postamble(configFile);
174        return configFile.toString();
175    }
176   
177    public static String CV(Dataset dataset) {
178        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
179        preamble(configFile);
180        dataset(configFile, dataset);
181        trainers(configFile);
182       
183        configFile.append(" <eval name=\"CVWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
184       
185        postamble(configFile);
186        return configFile.toString();
187    }
188   
189    public static String Random(Dataset dataset) {
190        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
191        preamble(configFile);
192        dataset(configFile, dataset);
193       
194        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"RANDOM de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.RandomClass\" />\n");
195        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
196        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
197       
198        postamble(configFile);
199        return configFile.toString();
200    }
201   
202    public static String Trivial(Dataset dataset) {
203        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
204        preamble(configFile);
205        dataset(configFile, dataset);
206       
207        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"FIX de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.FixClass -C 1\" />\n");
208        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
209       
210        postamble(configFile);
211        return configFile.toString();
212    }
213   
214    public static String Koshgoftaar08(Dataset dataset) {
215        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
216        preamble(configFile);
217        dataset(configFile, dataset);
218        trainersBagging(configFile);
219       
220        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
221       
222        postamble(configFile);
223        return configFile.toString();
224    }
225   
226    public static String Watanabe08(Dataset dataset) {
227        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
228        preamble(configFile);
229        dataset(configFile, dataset);
230        trainers(configFile);
231       
232        configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"AverageStandardization\" param=\"\" />\n");       
233        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
234       
235        postamble(configFile);
236        return configFile.toString();
237    }
238   
239    public static String Turhan09(Dataset dataset) {
240        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
241        preamble(configFile);
242        dataset(configFile, dataset);
243        trainers(configFile);
244       
245        configFile.append(" <preprocessor name=\"LogarithmTransform\" param=\"\" />\n");
246        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"TurhanFilter\" param=\"10\" />\n");
247        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
248       
249        postamble(configFile);
250        return configFile.toString();
251    }
252   
253    public static String Zimmermann09(Dataset dataset) {
254        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
255        preamble(configFile);
256        dataset(configFile, dataset);
257        trainers(configFile);
258       
259        configFile.append(" <setwiseselector name=\"DecisionTreeSelection\" param=\"max median stddev\" />\n");
260        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
261       
262        postamble(configFile);
263        return configFile.toString();
264    }
265   
266    public static String CamargoCruz09(Dataset dataset) {
267        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
268        preamble(configFile);
269        dataset(configFile, dataset);
270        trainers(configFile);
271       
272        configFile.append(" <preprocessor name=\"LogarithmTransform\" param=\"\" />\n");
273        configFile.append(" <preprocessor name=\"MedianAsReference\" param=\"10\" />\n");
274        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
275       
276        postamble(configFile);
277        return configFile.toString();
278    }
279   
280    public static String Liu10(Dataset dataset) {
281        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
282        preamble(configFile);
283        dataset(configFile, dataset);
284       
285        configFile.append(" <setwisetrainer name=\"GPTraining\" param=\"numberRuns:1,errorType2Weight:15\" />");
286        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
287        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
288       
289        postamble(configFile);
290        return configFile.toString();
291    }
292   
293    public static String Menzies11(Dataset dataset) {
294        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
295        preamble(configFile);
296        dataset(configFile, dataset);
297       
298        trainersLocalWhere(configFile);       
299        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
300        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
301       
302        postamble(configFile);
303        return configFile.toString();
304    }
305   
306    public static String Ma12(Dataset dataset) {
307        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
308        preamble(configFile);
309        dataset(configFile, dataset);
310        trainers(configFile);
311       
312        configFile.append(" <preprocessor name=\"DataGravitation\" param=\"\" />\n");
313        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
314       
315        postamble(configFile);
316        return configFile.toString();
317    }
318   
319    public static String Peters12(Dataset dataset) {
320        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
321        preamble(configFile);
322        dataset(configFile, dataset);
323        trainers(configFile);
324       
325        configFile.append(" <preprocessor name=\"MORPH\" param=\"\" />\n");
326        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
327        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
328       
329        postamble(configFile);
330        return configFile.toString();
331    }
332   
333    public static String Uchigaki12(Dataset dataset) {
334        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
335        preamble(configFile);
336        dataset(configFile, dataset);
337       
338        configFile.append(" <preprocessor name=\"ZScoreNormalization\" param=\"\" />\n");
339        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"LE de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.LogisticEnsemble\" />\n");
340        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
341       
342        postamble(configFile);
343        return configFile.toString();
344    }
345   
346    public static String Canfora13(Dataset dataset) {
347        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
348        preamble(configFile);
349        dataset(configFile, dataset);
350       
351        configFile.append(" <preprocessor name=\"ZScoreNormalization\" param=\"\" />\n");
352        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.7\" />\n");
353        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
354        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
355       
356        postamble(configFile);
357        return configFile.toString();
358    }
359   
360    public static String Peters13(Dataset dataset) {
361        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
362        preamble(configFile);
363        dataset(configFile, dataset);
364        trainers(configFile);
365       
366        configFile.append(" <preprocessor name=\"MORPH\" param=\"\" />\n");
367        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"CLIFF\" param=\"0.40\" />");
368        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
369        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
370       
371        postamble(configFile);
372        return configFile.toString();
373    }
374   
375    public static String Herbold13(Dataset dataset) {
376        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
377        preamble(configFile);
378        dataset(configFile, dataset);
379        trainers(configFile);
380       
381        int numNeighbors;
382        switch (dataset)
383        {
384            case AEEEM:
385            case AEEEM_LDHH:
386            case AEEEM_WCHU:
387            case AEEEM_LDHHWCHU:
388                numNeighbors = 2;
389                break;
390            case MDP:
391                numNeighbors = 5;
392                break;
393            case JURECZKO:
394                numNeighbors = 30;
395                break;
396            case FILTERJURECZKO:
397                numNeighbors = 20;
398                break;
399            case RELINK:
400                numNeighbors = 1;
401                break;
402            case NETGENE:
403                numNeighbors = 1;
404                break;
405            case SELECTEDJURECZKO:
406                numNeighbors = 4;
407                break;
408            case SMARTSHARK_ALL:
409            case SMARTSHARK_AST:
410            case SMARTSHARK_SM:
411                // TODO check num neighbors
412            default:
413                numNeighbors = 10;
414                break;
415        }
416       
417        configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"Normalization\" param=\"\" />\n");
418        configFile.append(" <setwiseselector name=\"SetWiseKNNSelection\" param=\""+ numNeighbors +"\" />\n");
419        configFile.append(" <postprocessor name=\"BiasedWeights\" param=\"0.5\" />\n");
420        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
421       
422        postamble(configFile);
423        return configFile.toString();
424    }
425   
426    public static String ZHe13(Dataset dataset) {
427        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
428        preamble(configFile);
429        dataset(configFile, dataset);
430        trainersBagging(configFile);
431       
432        int numNeighbors;
433        switch (dataset)
434        {
435            case AEEEM:
436            case AEEEM_LDHH:
437            case AEEEM_LDHHWCHU:
438            case AEEEM_WCHU:
439                numNeighbors = 1;
440                break;
441            case MDP:
442                numNeighbors = 4;
443                break;
444            case JURECZKO:
445                numNeighbors = 16;
446                break;
447            case FILTERJURECZKO:
448                numNeighbors = 13;
449                break;
450            case RELINK:
451                numNeighbors = 1;
452                break;
453            case NETGENE:
454                numNeighbors = 1;
455                break;
456            case SELECTEDJURECZKO:
457                numNeighbors = 4;
458                break;
459            case SMARTSHARK_ALL:
460            case SMARTSHARK_AST:
461            case SMARTSHARK_SM:
462                // TODO check num neighbors
463            default:
464                numNeighbors = 10;
465                break;
466        }
467       
468        configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"Normalization\" param=\"\" />\n");
469        configFile.append(" <setwiseselector name=\"SeparatabilitySelection\" param=\"" + numNeighbors + "\" />\n");
470        configFile.append(" <setwisepostprocessor name=\"Undersampling\" param=\"\" />\n");
471        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
472        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
473       
474        postamble(configFile);
475        return configFile.toString();
476    }
477   
478    public static String Nam13(Dataset dataset) {
479        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
480        preamble(configFile);
481        dataset(configFile, dataset);
482        trainers(configFile);
483       
484        configFile.append(" <preprocessor name=\"TCAPlusNormalization\" param=\"\" />\n");
485        configFile.append(" <postprocessor name=\"TransferComponentAnalysis\" param=\"\" />\n");
486        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
487       
488        postamble(configFile);
489        return configFile.toString();
490    }
491   
492    public static String Panichella14(Dataset dataset) {
493        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
494        preamble(configFile);
495        dataset(configFile, dataset);
496       
497        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"CODEP-LR de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.LogisticCODEP\" />\n");
498        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"CODEP-BN de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.BayesNetCODEP\" />\n");
499        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
500       
501        postamble(configFile);
502        return configFile.toString();
503    }
504   
505    public static String Ryu14(Dataset dataset) {
506        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
507        preamble(configFile);
508        dataset(configFile, dataset);
509       
510        configFile.append(" <preprocessor name=\"ZScoreNormalization\" param=\"\" />\n");
511        configFile.append(" <testawaretrainer name=\"WekaTestAwareTraining\" param=\"VCBSVM de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.VCBSVM -L 0.1 -B 10\" />\n");
512        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
513        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
514       
515        postamble(configFile);
516        return configFile.toString();
517    }
518   
519    public static String PHe15(Dataset dataset) {
520        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
521        preamble(configFile);
522        dataset(configFile, dataset);
523        trainers(configFile);
524       
525        configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"LogarithmTransform\" param=\"\" />\n");
526        configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"TopMetricFilter\" param=\"\" />\n");
527        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
528       
529        postamble(configFile);
530        return configFile.toString();
531    }
532   
533    public static String Peters15(Dataset dataset) {
534        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
535        preamble(configFile);
536        dataset(configFile, dataset);
537        trainers(configFile);
538       
539        configFile.append(" <setwisepreprocessor name=\"LogarithmTransform\" param=\"\" />\n");
540        configFile.append(" <setwiseselector name=\"LACE2\" param=\"0.4\" />\n");
541        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"TurhanFilter\" param=\"1\" />\n");
542        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
543        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n");
544       
545        postamble(configFile);
546        return configFile.toString();
547    }
548   
549    public static String Kawata15(Dataset dataset) {
550        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
551        preamble(configFile);
552        dataset(configFile, dataset);
553        trainers(configFile);
554       
555        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"DBSCANFilter\" param=\"\" />\n");
556        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
557       
558        postamble(configFile);
559        return configFile.toString();
560    }
561   
562    public static String YZhang15(Dataset dataset) {
563        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
564        preamble(configFile);
565        dataset(configFile, dataset);
566       
567        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"AVGVOTE weka.classifiers.meta.Vote -S 1 -B &quot;weka.classifiers.trees.ADTree&quot; -B &quot;de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.DecisionTableWrapper&quot; -B &quot;de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.BayesNetWrapper&quot; -B &quot;weka.classifiers.functions.MultilayerPerceptron&quot; -B &quot;weka.classifiers.functions.RBFNetwork&quot; -R AVG\" />\n");
568        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MAXVOTE weka.classifiers.meta.Vote -S 1 -B &quot;weka.classifiers.trees.ADTree&quot; -B &quot;de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.DecisionTableWrapper&quot; -B &quot;de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.BayesNetWrapper&quot; -B &quot;weka.classifiers.functions.MultilayerPerceptron&quot; -B &quot;weka.classifiers.functions.RBFNetwork&quot; -R MAX\" />\n");
569        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"BAG-DT weka.classifiers.meta.Bagging -P 100 -S 1 -I 10 -W weka.classifiers.trees.J48\" />\n");
570        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"BAG-NB weka.classifiers.meta.Bagging -P 100 -S 1 -I 10 -W weka.classifiers.bayes.NaiveBayes\" />\n");
571        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"BOOST-DT weka.classifiers.meta.AdaBoostM1 -P 100 -S 1 -I 10 -W weka.classifiers.trees.J48\" />\n");
572        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"BOOST-NB weka.classifiers.meta.AdaBoostM1 -P 100 -S 1 -I 10 -W weka.classifiers.bayes.NaiveBayes\" />\n");
573        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
574       
575        postamble(configFile);
576        return configFile.toString();
577    }
578   
579    public static String Amasaki15(Dataset dataset) {
580        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
581        preamble(configFile);
582        dataset(configFile, dataset);
583        trainers(configFile);
584       
585        configFile.append(" <preprocessor name=\"LogarithmTransform\" param=\"\" />\n");
586        configFile.append(" <preprocessor name=\"SynonymAttributePruning\" param=\"\" />\n");
587        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"SynonymOutlierRemoval\" param=\"\" />");
588        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
589       
590        postamble(configFile);
591        return configFile.toString();
592    }
593   
594    public static String Ryu15(Dataset dataset) {
595        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
596        preamble(configFile);
597        dataset(configFile, dataset);
598        trainersLASER(configFile);
599       
600        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"MahalanobisOutlierRemoval\" param=\"\" />\n");
601        configFile.append(" <pointwiseselector name=\"NeighborhoodFilter\" param=\"\" />\n");
602        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
603       
604        postamble(configFile);
605        return configFile.toString();
606    }
607   
608    public static String Nam15(Dataset dataset) {
609        StringBuilder configFile = new StringBuilder();
610        preamble(configFile);
611        dataset(configFile, dataset);
612        trainers(configFile);
613       
614        configFile.append(" <preprocessor name=\"CLAMIProcessor\" param=\"\" />\n");
615        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n");
616       
617        postamble(configFile);
618        return configFile.toString();
619    }
620}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.