Changeset 145 for trunk


Ignore:
Timestamp:
08/15/17 21:01:03 (7 years ago)
Author:
sherbold
Message:
 
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/CrossPareConfigurationBuilder/src/de/ugoe/cs/crosspare/ConfigurationBuilder.java

    r144 r145  
    5252    private static final String storageFolder = "config/"; 
    5353     
     54    private static final String HPCConfigFolder = "../cpdp-experiments/HPC/benchmark/"; 
     55     
    5456    public static void main(String[] args) { 
    5557        for( Dataset dataset : Dataset.values() ) { 
    … …  
    8486            writeFile("Ryu15", dataset); 
    8587            writeFile("Nam15", dataset); 
     88            writeFile("Tantithamthavorn16", dataset); 
     89            writeFile("Hosseini16", dataset); 
     90            writeFile("FZhang16", dataset); 
    8691        } 
    8792    } 
    … …  
    106111        catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
    107112            e.printStackTrace(); 
     113        } 
     114         
     115        if( approach.equals("Nam13") && (dataset.toString().startsWith("JUR") || dataset.toString().startsWith("NET") || dataset.toString().startsWith("MDP"))) { 
     116            file = new File(HPCConfigFolder + "config-infeasible/"+  dataset.toString() + "-" + approach + ".xml"); 
     117            file.getParentFile().mkdirs(); 
     118            try(FileWriter writer = new FileWriter(file);) { 
     119                writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset)); 
     120                writer.flush(); 
     121            } 
     122            catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
     123                e.printStackTrace(); 
     124            } 
     125        } 
     126        else if( dataset==Dataset.AEEEM_LDHHWCHU || dataset==Dataset.JURECZKO || dataset==Dataset.NETGENE || dataset==Dataset.RELINK || dataset==Dataset.MDP ) { 
     127            file = new File(HPCConfigFolder + "config/"+  dataset.toString() + "-" + approach + ".xml"); 
     128            file.getParentFile().mkdirs(); 
     129            try(FileWriter writer = new FileWriter(file);) { 
     130                writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset)); 
     131                writer.flush(); 
     132            } 
     133            catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
     134                e.printStackTrace(); 
     135            } 
     136        } 
     137        else if( dataset==Dataset.AEEEM_LDHHWCHU_NUMERIC_DUPLICATE || dataset==Dataset.JURECZKO_NUMERIC_DUPLICATE || dataset==Dataset.NETGENE_NUMERIC_DUPLICATE ) { 
     138            file = new File(HPCConfigFolder + "config-duplicates/"+  dataset.toString() + "-" + approach + ".xml"); 
     139            file.getParentFile().mkdirs(); 
     140            try(FileWriter writer = new FileWriter(file);) { 
     141                writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset)); 
     142                writer.flush(); 
     143            } 
     144            catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
     145                e.printStackTrace(); 
     146            } 
     147        } 
     148        else if( dataset==Dataset.AEEEM_LDHHWCHU_NUMERIC || dataset==Dataset.JURECZKO_NUMERIC || dataset==Dataset.NETGENE_NUMERIC ) { 
     149            file = new File(HPCConfigFolder + "config-numeric/"+  dataset.toString() + "-" + approach + ".xml"); 
     150            file.getParentFile().mkdirs(); 
     151            try(FileWriter writer = new FileWriter(file);) { 
     152                writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset)); 
     153                writer.flush(); 
     154            } 
     155            catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
     156                e.printStackTrace(); 
     157            } 
     158        } 
     159        else if( dataset==Dataset.AEEEM_LDHHWCHU_NUMERIC_WEIGHTS || dataset==Dataset.JURECZKO_NUMERIC_WEIGHTS || dataset==Dataset.NETGENE_NUMERIC_WEIGHTS ) { 
     160            file = new File(HPCConfigFolder + "config-weights/"+  dataset.toString() + "-" + approach + ".xml"); 
     161            file.getParentFile().mkdirs(); 
     162            try(FileWriter writer = new FileWriter(file);) { 
     163                writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset)); 
     164                writer.flush(); 
     165            } 
     166            catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
     167                e.printStackTrace(); 
     168            } 
     169        } 
     170        else if( dataset==Dataset.AEEEM_LDHHWCHU_EFFNORM_NUMERIC || dataset==Dataset.JURECZKO_EFFNORM_NUMERIC || dataset==Dataset.RELINK_EFFNORM || dataset==Dataset.MDP_EFFNORM ) { 
     171            file = new File(HPCConfigFolder + "config-effnorm/"+  dataset.toString() + "-" + approach + ".xml"); 
     172            file.getParentFile().mkdirs(); 
     173            try(FileWriter writer = new FileWriter(file);) { 
     174                writer.append((String) ConfigurationBuilder.class.getMethod(approach, Dataset.class).invoke(null, dataset)); 
     175                writer.flush(); 
     176            } 
     177            catch (IOException | IllegalAccessException | IllegalArgumentException | InvocationTargetException | NoSuchMethodException | SecurityException e) { 
     178                e.printStackTrace(); 
     179            } 
    108180        } 
    109181    } 
    … …  
    355427         
    356428        configFile.append(" <eval name=\"CVWekaEvaluation\" param=\"\" />\n"); 
     429        configFile.append(" <executionStrategy name=\"CrossValidationExperiment\" param=\"\" />\n"); 
     430        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n"); 
    357431         
    358432        postamble(configFile); 
    … …  
    523597         
    524598        configFile.append(" <preprocessor name=\"ZScoreNormalization\" param=\"\" />\n"); 
    525         configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.7\" />\n"); 
     599        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP100 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 1.0\" />\n"); 
     600        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP90 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.9\" />\n"); 
     601        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP80 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.8\" />\n"); 
     602        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP70 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.7\" />\n"); 
     603        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP60 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.6\" />\n"); 
     604        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP50 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.5\" />\n"); 
     605        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP40 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.4\" />\n"); 
     606        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP30 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.3\" />\n"); 
     607        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP20 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.2\" />\n"); 
     608        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"MODEP10 de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.MODEPClassifier -R 0.1\" />\n"); 
    526609        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n"); 
    527610        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n"); 
    … …  
    643726            case AEEEM_LDHHWCHU_EFFNORM_NUMERIC: 
    644727            case AEEEM_LDHHWCHU_EFFLOGNORM_NUMERIC: 
     728            case AEEEM_LDHHWCHU_NUMERIC_DUPLICATE: 
     729            case AEEEM_LDHHWCHU_NUMERIC_WEIGHTS: 
    645730                numNeighbors = 1; 
    646731                break; 
    … …  
    652737            case JURECZKO: 
    653738            case JURECZKO_NUMERIC: 
     739            case JURECZKO_NUMERIC_DUPLICATE: 
     740            case JURECZKO_NUMERIC_WEIGHTS: 
    654741            case JURECZKO_EFFNORM: 
    655742            case JURECZKO_EFFLOGNORM: 
    … …  
    668755            case NETGENE: 
    669756            case NETGENE_NUMERIC: 
     757            case NETGENE_NUMERIC_DUPLICATE: 
     758            case NETGENE_NUMERIC_WEIGHTS: 
    670759                numNeighbors = 1; 
    671760                break; 
    … …  
    835924        return configFile.toString(); 
    836925    } 
     926     
     927    public static String Tantithamthavorn16(Dataset dataset) { 
     928        StringBuilder configFile = new StringBuilder(); 
     929        preamble(configFile); 
     930        dataset(configFile, dataset); 
     931         
     932        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"NBCARET de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.NaiveBayesCaret\" />\n"); 
     933        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"RFCARET weka.classifiers.trees.RandomForest -CVPARAM I 10 50 10\" />\n"); 
     934        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"SVMCARET de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.SMOCaret\" />\n"); 
     935        //configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"C50CARET de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.C50Caret\" />\n"); 
     936        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n"); 
     937        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n"); 
     938         
     939        postamble(configFile); 
     940        return configFile.toString(); 
     941    } 
     942     
     943    public static String Hosseini16(Dataset dataset) { 
     944        StringBuilder configFile = new StringBuilder(); 
     945        preamble(configFile); 
     946        dataset(configFile, dataset); 
     947         
     948        configFile.append(" <testawaretrainer name=\"WekaTestAwareTraining\" param=\"SBS de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.SearchBasedSelectionClassifier\" />\n"); 
     949        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n"); 
     950        configFile.append(" <repetitions number=\"10\" />\n"); 
     951         
     952        postamble(configFile); 
     953        return configFile.toString(); 
     954    } 
     955     
     956    public static String FZhang16(Dataset dataset) { 
     957        StringBuilder configFile = new StringBuilder(); 
     958        preamble(configFile); 
     959        dataset(configFile, dataset); 
     960 
     961        configFile.append(" <preprocessor name=\"ZScoreNormalization\" param=\"\" />\n"); 
     962        configFile.append(" <setwiseselector name=\"TestAsTraining\" param=\"\" />\n"); 
     963        configFile.append(" <trainer name=\"WekaTraining\" param=\"SC de.ugoe.cs.cpdp.wekaclassifier.SpectralClusteringClassifier\" />\n"); 
     964        configFile.append(" <eval name=\"NormalWekaEvaluation\" param=\"\" />\n"); 
     965         
     966        postamble(configFile); 
     967        return configFile.toString(); 
     968    } 
    837969} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.