Ignore:
Timestamp:
09/24/15 10:59:05 (10 years ago)
Author:
sherbold
Message:
  • formatted code and added copyrights
Location:
trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader
Files:
18 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/ARFFFolderLoader.java

    r4 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    923public class ARFFFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    1024 
    11         /* 
    12         * (non-Javadoc) 
    13         *  
    14         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
    15         */ 
    16         @Override 
    17         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    18                 return new ARFFLoader(); 
    19         } 
     25    /* 
     26    * (non-Javadoc) 
     27    *  
     28    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
     29    */ 
     30    @Override 
     31    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     32        return new ARFFLoader(); 
     33    } 
    2034} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/ARFFLoader.java

    r6 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1529public class ARFFLoader implements SingleVersionLoader { 
    1630 
    17         /* 
    18          * (non-Javadoc) 
    19          *  
    20          * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.SingleVersionLoader#load(java.io.File) 
    21          */ 
    22         @Override 
    23         public Instances load(File file) { 
    24                 BufferedReader reader; 
    25                 Instances data; 
    26                 try { 
    27                         reader = new BufferedReader(new FileReader(file)); 
    28                         data = new Instances(reader); 
    29                         reader.close(); 
    30                 } catch (IOException e) { 
    31                         throw new RuntimeException("error reading file: " + file.getName(), e); 
    32                 } 
     31    /* 
     32     * (non-Javadoc) 
     33     *  
     34     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.SingleVersionLoader#load(java.io.File) 
     35     */ 
     36    @Override 
     37    public Instances load(File file) { 
     38        BufferedReader reader; 
     39        Instances data; 
     40        try { 
     41            reader = new BufferedReader(new FileReader(file)); 
     42            data = new Instances(reader); 
     43            reader.close(); 
     44        } 
     45        catch (IOException e) { 
     46            throw new RuntimeException("error reading file: " + file.getName(), e); 
     47        } 
    3348 
    34                 // setting class attribute 
    35                 data.setClassIndex(data.numAttributes() - 1); 
     49        // setting class attribute 
     50        data.setClassIndex(data.numAttributes() - 1); 
    3651 
    37                 return data; 
    38         } 
     52        return data; 
     53    } 
    3954 
    40         /* 
    41          * (non-Javadoc) 
    42          *  
    43          * @see 
    44          * de.ugoe.cs.cpdp.loader.SingleVersionLoader#filenameFilter(java.lang.String 
    45          * ) 
    46          */ 
    47         @Override 
    48         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    49                 return filename.endsWith(".arff"); 
    50         } 
     55    /* 
     56     * (non-Javadoc) 
     57     *  
     58     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.SingleVersionLoader#filenameFilter(java.lang.String ) 
     59     */ 
     60    @Override 
     61    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     62        return filename.endsWith(".arff"); 
     63    } 
    5164 
    5265} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/AUDIChangeFolderLoader.java

    r38 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    317public class AUDIChangeFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    418 
    5         /* 
    6         * (non-Javadoc) 
    7         *  
    8         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
    9         */ 
    10         @Override 
    11         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    12                 return new AUDIChangeLoader(); 
    13         } 
     19    /* 
     20    * (non-Javadoc) 
     21    *  
     22    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
     23    */ 
     24    @Override 
     25    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     26        return new AUDIChangeLoader(); 
     27    } 
    1428} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/AUDIChangeLoader.java

    r38 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1529/** 
    1630 * TODO 
     31 *  
    1732 * @author sherbold 
    18  * 
     33 *  
    1934 */ 
    2035class AUDIChangeLoader implements SingleVersionLoader { 
    21          
    22         private class EntityRevisionPair implements Comparable<EntityRevisionPair> { 
    23                 private final String entity; 
    24                 private final int revision; 
    25                  
    26                 public EntityRevisionPair(String entity, int revision) { 
    27                         this.entity = entity; 
    28                         this.revision = revision; 
    29                 } 
    30                  
    31                 @Override 
    32                 public boolean equals(Object other) { 
    33                         if( !(other instanceof EntityRevisionPair) ) { 
    34                                 return false; 
    35                         } else { 
    36                                 return compareTo((EntityRevisionPair) other)==0; 
    37                         } 
    38                 } 
    39                  
    40                 @Override 
    41                 public int hashCode() { 
    42                         return entity.hashCode()+revision; 
    43                 } 
    44  
    45                 @Override 
    46                 public int compareTo(EntityRevisionPair other) { 
    47                         int strCmp = this.entity.compareTo(other.entity); 
    48                         if( strCmp!=0 ) { 
    49                                 return strCmp; 
    50                         } 
    51                         return Integer.compare(revision, other.revision); 
    52                 } 
    53                  
    54                 @Override 
    55                 public String toString() { 
    56                         return entity+"@"+revision; 
    57                 } 
    58         } 
    59  
    60         @Override 
    61         public Instances load(File file) { 
    62                 final String[] lines; 
    63                 String[] lineSplit; 
    64                 String[] lineSplitBug; 
    65                  
    66                 try { 
    67                         lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
    68                 } catch (IOException e) { 
    69                         throw new RuntimeException(e); 
    70                 } 
    71                  
    72                 // information about bugs are in another file 
    73                 String path = file.getAbsolutePath(); 
    74                 path = path.substring(0, path.length()-14) + "repro.csv"; 
    75                 final String[] linesBug; 
    76                 try { 
    77                         linesBug = FileTools.getLinesFromFile(path); 
    78                 } catch (IOException e) { 
    79                         throw new RuntimeException(e); 
    80                 } 
    81                  
    82                 int revisionIndex=-1; 
    83                 int bugIndex=-1; 
    84                 lineSplitBug = linesBug[0].split(";"); 
    85                 for( int j=0; j<lineSplitBug.length ; j++ ) { 
    86                         if( lineSplitBug[j].equals("svnrev") ) { 
    87                                 revisionIndex=j; 
    88                         } 
    89                         if( lineSplitBug[j].equals("num_bugs_trace") ) { 
    90                                 bugIndex=j; 
    91                         } 
    92                 } 
    93                 if( revisionIndex<0 ) { 
    94                         throw new RuntimeException("could not find SVN revisions"); 
    95                 } 
    96                 if( bugIndex<0 ) { 
    97                         throw new RuntimeException("could not find bug information"); 
    98                 } 
    99                  
    100                 int metricsStartIndex=-1; 
    101                 int metricsEndIndex=-1; 
    102                 lineSplit = lines[0].split(";"); 
    103                 for( int j=0; j<lineSplit.length ; j++ ) { 
    104                         if( lineSplit[j].equals("lm_LOC") ) { 
    105                                 metricsStartIndex=j; 
    106                         } 
    107                         if( lineSplit[j].equals("h_E") ) { 
    108                                 metricsEndIndex=j; 
    109                         } 
    110                 } 
    111                 if( metricsStartIndex<0 ) { 
    112                         throw new RuntimeException("could not find first metric, i.e., lm_LOC"); 
    113                 } 
    114                 if( metricsEndIndex<0 ) { 
    115                         throw new RuntimeException("could not find last metric, i.e., h_E"); 
    116                 } 
    117                 int numMetrics = metricsEndIndex-metricsStartIndex+1; 
    118                  
    119                 // create sets of all filenames and revisions 
    120                 SortedMap<EntityRevisionPair, Integer> entityRevisionPairs = new TreeMap<>(); 
    121                 for( int i=1; i<linesBug.length ; i++ ) { 
    122                         lineSplitBug = linesBug[i].split(";"); 
    123                         entityRevisionPairs.put(new EntityRevisionPair(lineSplitBug[0], Integer.parseInt(lineSplitBug[revisionIndex])), i); 
    124                 } 
    125                  
    126                  
    127                 // prepare weka instances 
    128                 final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
    129                 lineSplit = lines[0].split(";");  
    130                 for (int j = metricsStartIndex; j<=metricsEndIndex; j++) { 
    131                         atts.add(new Attribute(lineSplit[j]+"_delta")); 
    132                 } 
    133                 for (int j = metricsStartIndex; j<=metricsEndIndex; j++) { 
    134                         atts.add(new Attribute(lineSplit[j]+"_abs")); 
    135                 } 
    136                 final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
    137                 classAttVals.add("0"); 
    138                 classAttVals.add("1"); 
    139                 final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
    140                 atts.add(classAtt); 
    141  
    142                 final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
    143                 data.setClass(classAtt); 
    144                  
    145                 // create data 
    146                 String lastFile = null; 
    147                 double[] lastValues = null; 
    148                 int lastNumBugs = 0; 
    149                 for( Entry<EntityRevisionPair, Integer> entry : entityRevisionPairs.entrySet() ) { 
    150                         try { 
    151                                 // first get values 
    152                                 lineSplit = lines[entry.getValue()].split(";"); 
    153                                 lineSplitBug = linesBug[entry.getValue()].split(";"); 
    154                                 int i=0; 
    155                                 double[] values = new double[numMetrics]; 
    156                                 for(int j=metricsStartIndex ; j<=metricsEndIndex ; j++ ) { 
    157                                         values[i] = Double.parseDouble(lineSplit[j]); 
    158                                         i++; 
    159                                 } 
    160                                 int numBugs = Integer.parseInt(lineSplitBug[bugIndex]); 
    161                                  
    162                                 // then check if an entity must be created 
    163                                 if( entry.getKey().entity.equals(lastFile)) { 
    164                                         // create new instance 
    165                                         double[] instanceValues = new double[2*numMetrics+1]; 
    166                                         for( int j=0; j<numMetrics; j++ ) { 
    167                                                 instanceValues[j] = values[j]-lastValues[j]; 
    168                                                 instanceValues[j+numMetrics]= values[j]; 
    169                                         } 
    170                                         // check if any value>0 
    171                                         boolean changeOccured = false; 
    172                                         for( int j=0; j<numMetrics; j++ ) { 
    173                                                 if( instanceValues[j]>0 ) { 
    174                                                         changeOccured = true; 
    175                                                 } 
    176                                         } 
    177                                         if( changeOccured ) { 
    178                                                 instanceValues[instanceValues.length-1] = numBugs<=lastNumBugs ? 0 : 1; 
    179                                                 data.add(new DenseInstance(1.0, instanceValues)); 
    180                                         } 
    181                                 } 
    182                                 lastFile = entry.getKey().entity; 
    183                                 lastValues = values; 
    184                                 lastNumBugs = numBugs; 
    185                         } catch(IllegalArgumentException e) { 
    186                                 System.err.println("error in line " + entry.getValue() + ": " + e.getMessage()); 
    187                                 System.err.println("metrics line: " + lines[entry.getValue()]); 
    188                                 System.err.println("bugs line: " + linesBug[entry.getValue()]); 
    189                                 System.err.println("line is ignored"); 
    190                         } 
    191                 } 
    192                  
    193                 return data; 
    194         } 
    195          
    196         /* 
    197          * (non-Javadoc) 
    198          *  
    199          * @see 
    200          * de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader#load( 
    201          * java.io.File) 
    202          */ 
    203          
    204         public Instances load(File file, String dummy) { 
    205                 final String[] lines; 
    206                 try { 
    207                         lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
    208                 } catch (IOException e) { 
    209                         throw new RuntimeException(e); 
    210                 } 
    211                  
    212                 // information about bugs are in another file 
    213                 String path = file.getAbsolutePath(); 
    214                 path = path.substring(0, path.length()-14) + "repro.csv"; 
    215                 final String[] linesBug; 
    216                 try { 
    217                         linesBug = FileTools.getLinesFromFile(path); 
    218                 } catch (IOException e) { 
    219                         throw new RuntimeException(e); 
    220                 } 
    221                  
    222                 // configure Instances 
    223                 final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
    224  
    225                 String[] lineSplit = lines[0].split(";"); 
    226                 // ignore first three/four and last two columns 
    227                 int offset; 
    228                 if( lineSplit[3].equals("project_rev") ) { 
    229                         offset = 4; 
    230                 } else { 
    231                         offset = 3; 
    232                 } 
    233                 for (int j = 0; j < lineSplit.length - (offset+2); j++) { 
    234                         atts.add(new Attribute(lineSplit[j + offset])); 
    235                 } 
    236                 final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
    237                 classAttVals.add("0"); 
    238                 classAttVals.add("1"); 
    239                 final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
    240                 atts.add(classAtt); 
    241  
    242                 final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
    243                 data.setClass(classAtt); 
    244  
    245                 // fetch data 
    246                 for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
    247                         boolean validInstance = true; 
    248                         lineSplit = lines[i].split(";"); 
    249                         String[] lineSplitBug = linesBug[i].split(";"); 
    250                         double[] values = new double[data.numAttributes()]; 
    251                         for (int j = 0; validInstance && j < values.length-1; j++) { 
    252                                 if( lineSplit[j + offset].trim().isEmpty() ) { 
    253                                         validInstance = false; 
    254                                 } else { 
    255                                         values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + offset].trim()); 
    256                                 } 
    257                         } 
    258                         if( offset==3 ) { 
    259                                 values[values.length - 1] = lineSplitBug[7].equals("0") ? 0 : 1; 
    260                         } else { 
    261                                 values[values.length - 1] = lineSplitBug[8].equals("0") ? 0 : 1; 
    262                         } 
    263                          
    264                         if( validInstance ) { 
    265                                 data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
    266                         } else { 
    267                                 System.out.println("instance " + i + " is invalid"); 
    268                         } 
    269                 } 
    270                 return data; 
    271         } 
    272  
    273         /* 
    274          * (non-Javadoc) 
    275          *  
    276          * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
    277          * filenameFilter(java.lang.String) 
    278          */ 
    279         @Override 
    280         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    281                 return filename.endsWith("src.csv"); 
    282         } 
     36 
     37    private class EntityRevisionPair implements Comparable<EntityRevisionPair> { 
     38        private final String entity; 
     39        private final int revision; 
     40 
     41        public EntityRevisionPair(String entity, int revision) { 
     42            this.entity = entity; 
     43            this.revision = revision; 
     44        } 
     45 
     46        @Override 
     47        public boolean equals(Object other) { 
     48            if (!(other instanceof EntityRevisionPair)) { 
     49                return false; 
     50            } 
     51            else { 
     52                return compareTo((EntityRevisionPair) other) == 0; 
     53            } 
     54        } 
     55 
     56        @Override 
     57        public int hashCode() { 
     58            return entity.hashCode() + revision; 
     59        } 
     60 
     61        @Override 
     62        public int compareTo(EntityRevisionPair other) { 
     63            int strCmp = this.entity.compareTo(other.entity); 
     64            if (strCmp != 0) { 
     65                return strCmp; 
     66            } 
     67            return Integer.compare(revision, other.revision); 
     68        } 
     69 
     70        @Override 
     71        public String toString() { 
     72            return entity + "@" + revision; 
     73        } 
     74    } 
     75 
     76    @Override 
     77    public Instances load(File file) { 
     78        final String[] lines; 
     79        String[] lineSplit; 
     80        String[] lineSplitBug; 
     81 
     82        try { 
     83            lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
     84        } 
     85        catch (IOException e) { 
     86            throw new RuntimeException(e); 
     87        } 
     88 
     89        // information about bugs are in another file 
     90        String path = file.getAbsolutePath(); 
     91        path = path.substring(0, path.length() - 14) + "repro.csv"; 
     92        final String[] linesBug; 
     93        try { 
     94            linesBug = FileTools.getLinesFromFile(path); 
     95        } 
     96        catch (IOException e) { 
     97            throw new RuntimeException(e); 
     98        } 
     99 
     100        int revisionIndex = -1; 
     101        int bugIndex = -1; 
     102        lineSplitBug = linesBug[0].split(";"); 
     103        for (int j = 0; j < lineSplitBug.length; j++) { 
     104            if (lineSplitBug[j].equals("svnrev")) { 
     105                revisionIndex = j; 
     106            } 
     107            if (lineSplitBug[j].equals("num_bugs_trace")) { 
     108                bugIndex = j; 
     109            } 
     110        } 
     111        if (revisionIndex < 0) { 
     112            throw new RuntimeException("could not find SVN revisions"); 
     113        } 
     114        if (bugIndex < 0) { 
     115            throw new RuntimeException("could not find bug information"); 
     116        } 
     117 
     118        int metricsStartIndex = -1; 
     119        int metricsEndIndex = -1; 
     120        lineSplit = lines[0].split(";"); 
     121        for (int j = 0; j < lineSplit.length; j++) { 
     122            if (lineSplit[j].equals("lm_LOC")) { 
     123                metricsStartIndex = j; 
     124            } 
     125            if (lineSplit[j].equals("h_E")) { 
     126                metricsEndIndex = j; 
     127            } 
     128        } 
     129        if (metricsStartIndex < 0) { 
     130            throw new RuntimeException("could not find first metric, i.e., lm_LOC"); 
     131        } 
     132        if (metricsEndIndex < 0) { 
     133            throw new RuntimeException("could not find last metric, i.e., h_E"); 
     134        } 
     135        int numMetrics = metricsEndIndex - metricsStartIndex + 1; 
     136 
     137        // create sets of all filenames and revisions 
     138        SortedMap<EntityRevisionPair, Integer> entityRevisionPairs = new TreeMap<>(); 
     139        for (int i = 1; i < linesBug.length; i++) { 
     140            lineSplitBug = linesBug[i].split(";"); 
     141            entityRevisionPairs.put(new EntityRevisionPair(lineSplitBug[0], Integer 
     142                                        .parseInt(lineSplitBug[revisionIndex])), i); 
     143        } 
     144 
     145        // prepare weka instances 
     146        final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
     147        lineSplit = lines[0].split(";"); 
     148        for (int j = metricsStartIndex; j <= metricsEndIndex; j++) { 
     149            atts.add(new Attribute(lineSplit[j] + "_delta")); 
     150        } 
     151        for (int j = metricsStartIndex; j <= metricsEndIndex; j++) { 
     152            atts.add(new Attribute(lineSplit[j] + "_abs")); 
     153        } 
     154        final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
     155        classAttVals.add("0"); 
     156        classAttVals.add("1"); 
     157        final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
     158        atts.add(classAtt); 
     159 
     160        final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
     161        data.setClass(classAtt); 
     162 
     163        // create data 
     164        String lastFile = null; 
     165        double[] lastValues = null; 
     166        int lastNumBugs = 0; 
     167        for (Entry<EntityRevisionPair, Integer> entry : entityRevisionPairs.entrySet()) { 
     168            try { 
     169                // first get values 
     170                lineSplit = lines[entry.getValue()].split(";"); 
     171                lineSplitBug = linesBug[entry.getValue()].split(";"); 
     172                int i = 0; 
     173                double[] values = new double[numMetrics]; 
     174                for (int j = metricsStartIndex; j <= metricsEndIndex; j++) { 
     175                    values[i] = Double.parseDouble(lineSplit[j]); 
     176                    i++; 
     177                } 
     178                int numBugs = Integer.parseInt(lineSplitBug[bugIndex]); 
     179 
     180                // then check if an entity must be created 
     181                if (entry.getKey().entity.equals(lastFile)) { 
     182                    // create new instance 
     183                    double[] instanceValues = new double[2 * numMetrics + 1]; 
     184                    for (int j = 0; j < numMetrics; j++) { 
     185                        instanceValues[j] = values[j] - lastValues[j]; 
     186                        instanceValues[j + numMetrics] = values[j]; 
     187                    } 
     188                    // check if any value>0 
     189                    boolean changeOccured = false; 
     190                    for (int j = 0; j < numMetrics; j++) { 
     191                        if (instanceValues[j] > 0) { 
     192                            changeOccured = true; 
     193                        } 
     194                    } 
     195                    if (changeOccured) { 
     196                        instanceValues[instanceValues.length - 1] = numBugs <= lastNumBugs ? 0 : 1; 
     197                        data.add(new DenseInstance(1.0, instanceValues)); 
     198                    } 
     199                } 
     200                lastFile = entry.getKey().entity; 
     201                lastValues = values; 
     202                lastNumBugs = numBugs; 
     203            } 
     204            catch (IllegalArgumentException e) { 
     205                System.err.println("error in line " + entry.getValue() + ": " + e.getMessage()); 
     206                System.err.println("metrics line: " + lines[entry.getValue()]); 
     207                System.err.println("bugs line: " + linesBug[entry.getValue()]); 
     208                System.err.println("line is ignored"); 
     209            } 
     210        } 
     211 
     212        return data; 
     213    } 
     214 
     215    /* 
     216     * (non-Javadoc) 
     217     *  
     218     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader#load( java.io.File) 
     219     */ 
     220 
     221    public Instances load(File file, String dummy) { 
     222        final String[] lines; 
     223        try { 
     224            lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
     225        } 
     226        catch (IOException e) { 
     227            throw new RuntimeException(e); 
     228        } 
     229 
     230        // information about bugs are in another file 
     231        String path = file.getAbsolutePath(); 
     232        path = path.substring(0, path.length() - 14) + "repro.csv"; 
     233        final String[] linesBug; 
     234        try { 
     235            linesBug = FileTools.getLinesFromFile(path); 
     236        } 
     237        catch (IOException e) { 
     238            throw new RuntimeException(e); 
     239        } 
     240 
     241        // configure Instances 
     242        final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
     243 
     244        String[] lineSplit = lines[0].split(";"); 
     245        // ignore first three/four and last two columns 
     246        int offset; 
     247        if (lineSplit[3].equals("project_rev")) { 
     248            offset = 4; 
     249        } 
     250        else { 
     251            offset = 3; 
     252        } 
     253        for (int j = 0; j < lineSplit.length - (offset + 2); j++) { 
     254            atts.add(new Attribute(lineSplit[j + offset])); 
     255        } 
     256        final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
     257        classAttVals.add("0"); 
     258        classAttVals.add("1"); 
     259        final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
     260        atts.add(classAtt); 
     261 
     262        final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
     263        data.setClass(classAtt); 
     264 
     265        // fetch data 
     266        for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
     267            boolean validInstance = true; 
     268            lineSplit = lines[i].split(";"); 
     269            String[] lineSplitBug = linesBug[i].split(";"); 
     270            double[] values = new double[data.numAttributes()]; 
     271            for (int j = 0; validInstance && j < values.length - 1; j++) { 
     272                if (lineSplit[j + offset].trim().isEmpty()) { 
     273                    validInstance = false; 
     274                } 
     275                else { 
     276                    values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + offset].trim()); 
     277                } 
     278            } 
     279            if (offset == 3) { 
     280                values[values.length - 1] = lineSplitBug[7].equals("0") ? 0 : 1; 
     281            } 
     282            else { 
     283                values[values.length - 1] = lineSplitBug[8].equals("0") ? 0 : 1; 
     284            } 
     285 
     286            if (validInstance) { 
     287                data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
     288            } 
     289            else { 
     290                System.out.println("instance " + i + " is invalid"); 
     291            } 
     292        } 
     293        return data; 
     294    } 
     295 
     296    /* 
     297     * (non-Javadoc) 
     298     *  
     299     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
     300     * filenameFilter(java.lang.String) 
     301     */ 
     302    @Override 
     303    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     304        return filename.endsWith("src.csv"); 
     305    } 
    283306 
    284307} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/AUDIDataLoader.java

    r35 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1226/** 
    1327 * TODO 
     28 *  
    1429 * @author sherbold 
    15  * 
     30 *  
    1631 */ 
    1732class AUDIDataLoader implements SingleVersionLoader { 
    1833 
    19         /* 
    20          * (non-Javadoc) 
    21          *  
    22          * @see 
    23          * de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader#load( 
    24          * java.io.File) 
    25          */ 
    26         @Override 
    27         public Instances load(File file) { 
    28                 final String[] lines; 
    29                 try { 
    30                         lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
    31                 } catch (IOException e) { 
    32                         throw new RuntimeException(e); 
    33                 } 
    34                  
    35                 // information about bugs are in another file 
    36                 String path = file.getAbsolutePath(); 
    37                 path = path.substring(0, path.length()-14) + "repro.csv"; 
    38                 final String[] linesBug; 
    39                 try { 
    40                         linesBug = FileTools.getLinesFromFile(path); 
    41                 } catch (IOException e) { 
    42                         throw new RuntimeException(e); 
    43                 } 
    44                  
    45                 // configure Instances 
    46                 final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
     34    /* 
     35     * (non-Javadoc) 
     36     *  
     37     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader#load( java.io.File) 
     38     */ 
     39    @Override 
     40    public Instances load(File file) { 
     41        final String[] lines; 
     42        try { 
     43            lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
     44        } 
     45        catch (IOException e) { 
     46            throw new RuntimeException(e); 
     47        } 
    4748 
    48                 String[] lineSplit = lines[0].split(";"); 
    49                 // ignore first three/four and last two columns 
    50                 int offset; 
    51                 if( lineSplit[3].equals("project_rev") ) { 
    52                         offset = 4; 
    53                 } else { 
    54                         offset = 3; 
    55                 } 
    56                 for (int j = 0; j < lineSplit.length - (offset+2); j++) { 
    57                         atts.add(new Attribute(lineSplit[j + offset])); 
    58                 } 
    59                 final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
    60                 classAttVals.add("0"); 
    61                 classAttVals.add("1"); 
    62                 final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
    63                 atts.add(classAtt); 
     49        // information about bugs are in another file 
     50        String path = file.getAbsolutePath(); 
     51        path = path.substring(0, path.length() - 14) + "repro.csv"; 
     52        final String[] linesBug; 
     53        try { 
     54            linesBug = FileTools.getLinesFromFile(path); 
     55        } 
     56        catch (IOException e) { 
     57            throw new RuntimeException(e); 
     58        } 
    6459 
    65                 final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
    66                 data.setClass(classAtt); 
     60        // configure Instances 
     61        final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
    6762 
    68                 // fetch data 
    69                 for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
    70                         boolean validInstance = true; 
    71                         lineSplit = lines[i].split(";"); 
    72                         String[] lineSplitBug = linesBug[i].split(";"); 
    73                         double[] values = new double[data.numAttributes()]; 
    74                         for (int j = 0; validInstance && j < values.length-1; j++) { 
    75                                 if( lineSplit[j + offset].trim().isEmpty() ) { 
    76                                         validInstance = false; 
    77                                 } else { 
    78                                         values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + offset].trim()); 
    79                                 } 
    80                         } 
    81                         if( offset==3 ) { 
    82                                 values[values.length - 1] = lineSplitBug[7].equals("0") ? 0 : 1; 
    83                         } else { 
    84                                 values[values.length - 1] = lineSplitBug[8].equals("0") ? 0 : 1; 
    85                         } 
    86                          
    87                         if( validInstance ) { 
    88                                 data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
    89                         } else { 
    90                                 System.out.println("instance " + i + " is invalid"); 
    91                         } 
    92                 } 
    93                 return data; 
    94         } 
     63        String[] lineSplit = lines[0].split(";"); 
     64        // ignore first three/four and last two columns 
     65        int offset; 
     66        if (lineSplit[3].equals("project_rev")) { 
     67            offset = 4; 
     68        } 
     69        else { 
     70            offset = 3; 
     71        } 
     72        for (int j = 0; j < lineSplit.length - (offset + 2); j++) { 
     73            atts.add(new Attribute(lineSplit[j + offset])); 
     74        } 
     75        final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
     76        classAttVals.add("0"); 
     77        classAttVals.add("1"); 
     78        final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
     79        atts.add(classAtt); 
    9580 
    96         /* 
    97          * (non-Javadoc) 
    98          *  
    99          * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
    100          * filenameFilter(java.lang.String) 
    101          */ 
    102         @Override 
    103         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    104                 return filename.endsWith("src.csv"); 
    105         } 
     81        final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
     82        data.setClass(classAtt); 
     83 
     84        // fetch data 
     85        for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
     86            boolean validInstance = true; 
     87            lineSplit = lines[i].split(";"); 
     88            String[] lineSplitBug = linesBug[i].split(";"); 
     89            double[] values = new double[data.numAttributes()]; 
     90            for (int j = 0; validInstance && j < values.length - 1; j++) { 
     91                if (lineSplit[j + offset].trim().isEmpty()) { 
     92                    validInstance = false; 
     93                } 
     94                else { 
     95                    values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + offset].trim()); 
     96                } 
     97            } 
     98            if (offset == 3) { 
     99                values[values.length - 1] = lineSplitBug[7].equals("0") ? 0 : 1; 
     100            } 
     101            else { 
     102                values[values.length - 1] = lineSplitBug[8].equals("0") ? 0 : 1; 
     103            } 
     104 
     105            if (validInstance) { 
     106                data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
     107            } 
     108            else { 
     109                System.out.println("instance " + i + " is invalid"); 
     110            } 
     111        } 
     112        return data; 
     113    } 
     114 
     115    /* 
     116     * (non-Javadoc) 
     117     *  
     118     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
     119     * filenameFilter(java.lang.String) 
     120     */ 
     121    @Override 
     122    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     123        return filename.endsWith("src.csv"); 
     124    } 
    106125 
    107126} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/AUDIFolderLoader.java

    r35 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    317public class AUDIFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    418 
    5         /* 
    6         * (non-Javadoc) 
    7         *  
    8         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
    9         */ 
    10         @Override 
    11         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    12                 return new AUDIDataLoader(); 
    13         } 
     19    /* 
     20    * (non-Javadoc) 
     21    *  
     22    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
     23    */ 
     24    @Override 
     25    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     26        return new AUDIDataLoader(); 
     27    } 
    1428} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/AbstractFolderLoader.java

    r32 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1024 
    1125/** 
    12  * Abstract class for loading data from a folder. The subfolders of a defined 
    13  * folder define the projects, the file contained in the subfolder are the 
    14  * versions of a project. 
     26 * Abstract class for loading data from a folder. The subfolders of a defined folder define the 
     27 * projects, the file contained in the subfolder are the versions of a project. 
    1528 *  
    1629 * @author Steffen Herbold 
    … …  
    1831public abstract class AbstractFolderLoader implements IVersionLoader { 
    1932 
    20         /** 
    21         * Path of the data. 
    22         */ 
    23         protected String path = ""; 
     33    /** 
     34    * Path of the data. 
     35    */ 
     36    protected String path = ""; 
    2437 
    25         /** 
    26         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.IVersionLoader#setLocation(java.lang.String) 
    27         */ 
    28         @Override 
    29         public void setLocation(String location) { 
    30                 path = location; 
    31         } 
     38    /** 
     39    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.IVersionLoader#setLocation(java.lang.String) 
     40    */ 
     41    @Override 
     42    public void setLocation(String location) { 
     43        path = location; 
     44    } 
    3245 
    33         /** 
    34         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.IVersionLoader#load() 
    35         */ 
    36         @Override 
    37         public List<SoftwareVersion> load() { 
    38                 final List<SoftwareVersion> versions = new LinkedList<SoftwareVersion>(); 
     46    /** 
     47    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.IVersionLoader#load() 
     48    */ 
     49    @Override 
     50    public List<SoftwareVersion> load() { 
     51        final List<SoftwareVersion> versions = new LinkedList<SoftwareVersion>(); 
    3952 
    40                 final File dataDir = new File(path); 
    41                 final SingleVersionLoader instancesLoader = getSingleLoader(); 
     53        final File dataDir = new File(path); 
     54        final SingleVersionLoader instancesLoader = getSingleLoader(); 
    4255 
    43                 for (File projectDir : dataDir.listFiles()) { 
    44                         if (projectDir.isDirectory()) { 
    45                                 String projectName = projectDir.getName(); 
    46                                 for (File versionFile : projectDir.listFiles()) { 
    47                                         if (versionFile.isFile() 
    48                                                         && instancesLoader.filenameFilter(versionFile 
    49                                                                         .getName())) { 
    50                                                 String versionName = versionFile.getName(); 
    51                                                 Instances data = instancesLoader.load(versionFile); 
    52                                                 versions.add(new SoftwareVersion(projectName, 
    53                                                                 versionName, data)); 
    54                                         } 
    55                                 } 
    56                         } 
    57                 } 
    58                 return versions; 
    59         } 
     56        for (File projectDir : dataDir.listFiles()) { 
     57            if (projectDir.isDirectory()) { 
     58                String projectName = projectDir.getName(); 
     59                for (File versionFile : projectDir.listFiles()) { 
     60                    if (versionFile.isFile() && 
     61                        instancesLoader.filenameFilter(versionFile.getName())) 
     62                    { 
     63                        String versionName = versionFile.getName(); 
     64                        Instances data = instancesLoader.load(versionFile); 
     65                        versions.add(new SoftwareVersion(projectName, versionName, data)); 
     66                    } 
     67                } 
     68            } 
     69        } 
     70        return versions; 
     71    } 
    6072 
    61         /** 
    62          * Returns the concrete {@link SingleVersionLoader} to be used with this 
    63          * folder loader. 
    64          *  
    65          * @return 
    66          */ 
    67         abstract protected SingleVersionLoader getSingleLoader(); 
     73    /** 
     74     * Returns the concrete {@link SingleVersionLoader} to be used with this folder loader. 
     75     *  
     76     * @return 
     77     */ 
     78    abstract protected SingleVersionLoader getSingleLoader(); 
    6879} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/CSVDataLoader.java

    r4 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1125 
    1226/** 
    13  * Loads the instances for a software version from a CSV file of the PROMISE 
    14  * data set mined by Jurezko and Madeyski. 
     27 * Loads the instances for a software version from a CSV file of the PROMISE data set mined by 
     28 * Jurezko and Madeyski. 
    1529 *  
    1630 * @author Steffen Herbold 
    … …  
    1832class CSVDataLoader implements SingleVersionLoader { 
    1933 
    20         /* 
    21          * (non-Javadoc) 
    22          *  
    23          * @see 
    24          * de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader#load( 
    25          * java.io.File) 
    26          */ 
    27         @Override 
    28         public Instances load(File file) { 
    29                 final String[] lines; 
    30                 try { 
    31                         lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
    32                 } catch (IOException e) { 
    33                         throw new RuntimeException(e); 
    34                 } 
     34    /* 
     35     * (non-Javadoc) 
     36     *  
     37     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader#load( java.io.File) 
     38     */ 
     39    @Override 
     40    public Instances load(File file) { 
     41        final String[] lines; 
     42        try { 
     43            lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
     44        } 
     45        catch (IOException e) { 
     46            throw new RuntimeException(e); 
     47        } 
    3548 
    36                 // configure Instances 
    37                 final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
     49        // configure Instances 
     50        final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
    3851 
    39                 String[] lineSplit = lines[0].split(","); 
    40                 for (int j = 0; j < lineSplit.length - 4; j++) { 
    41                         atts.add(new Attribute(lineSplit[j + 3])); 
    42                 } 
    43                 final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
    44                 classAttVals.add("0"); 
    45                 classAttVals.add("1"); 
    46                 final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
    47                 atts.add(classAtt); 
     52        String[] lineSplit = lines[0].split(","); 
     53        for (int j = 0; j < lineSplit.length - 4; j++) { 
     54            atts.add(new Attribute(lineSplit[j + 3])); 
     55        } 
     56        final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
     57        classAttVals.add("0"); 
     58        classAttVals.add("1"); 
     59        final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
     60        atts.add(classAtt); 
    4861 
    49                 final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
    50                 data.setClass(classAtt); 
     62        final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
     63        data.setClass(classAtt); 
    5164 
    52                 // fetch data 
    53                 for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
    54                         lineSplit = lines[i].split(","); 
    55                         double[] values = new double[lineSplit.length - 3]; 
    56                         for (int j = 0; j < values.length - 1; j++) { 
    57                                 values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + 3].trim()); 
    58                         } 
    59                         values[values.length - 1] = lineSplit[lineSplit.length - 1].trim() 
    60                                         .equals("0") ? 0 : 1; 
    61                         data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
    62                 } 
     65        // fetch data 
     66        for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
     67            lineSplit = lines[i].split(","); 
     68            double[] values = new double[lineSplit.length - 3]; 
     69            for (int j = 0; j < values.length - 1; j++) { 
     70                values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + 3].trim()); 
     71            } 
     72            values[values.length - 1] = lineSplit[lineSplit.length - 1].trim().equals("0") ? 0 : 1; 
     73            data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
     74        } 
    6375 
    64                 return data; 
    65         } 
     76        return data; 
     77    } 
    6678 
    67         /* 
    68         * (non-Javadoc) 
    69         *  
    70         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
    71         * filenameFilter(java.lang.String) 
    72         */ 
    73         @Override 
    74         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    75                 return filename.endsWith(".csv"); 
    76         } 
     79    /* 
     80    * (non-Javadoc) 
     81    *  
     82    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
     83    * filenameFilter(java.lang.String) 
     84    */ 
     85    @Override 
     86    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     87        return filename.endsWith(".csv"); 
     88    } 
    7789 
    7890} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/CSVFolderLoader.java

    r4 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    317/** 
    4  * Implements the {@link AbstractFolderLoader} for data from the PROMISE 
    5  * repository mined by Jurezko and Madeyski. 
     18 * Implements the {@link AbstractFolderLoader} for data from the PROMISE repository mined by Jurezko 
     19 * and Madeyski. 
    620 *  
    721 * @author Steffen Herbold 
    … …  
    923public class CSVFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    1024 
    11         /* 
    12         * (non-Javadoc) 
    13         *  
    14         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
    15         */ 
    16         @Override 
    17         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    18                 return new CSVDataLoader(); 
    19         } 
     25    /* 
     26    * (non-Javadoc) 
     27    *  
     28    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
     29    */ 
     30    @Override 
     31    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     32        return new CSVDataLoader(); 
     33    } 
    2034 
    2135} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/CSVMockusDataLoader.java

    r29 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1024import de.ugoe.cs.util.FileTools; 
    1125 
    12  
    1326class CSVMockusDataLoader implements SingleVersionLoader { 
    1427 
    15         @Override 
    16         public Instances load(File file) { 
    17                 final String[] lines; 
    18                 try { 
    19                          
    20                         lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
    21                 } catch (IOException e) { 
    22                         throw new RuntimeException(e); 
    23                 } 
    24                  
    25                  
    26                 // configure Instances 
    27                 final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
     28    @Override 
     29    public Instances load(File file) { 
     30        final String[] lines; 
     31        try { 
    2832 
    29                 String[] lineSplit = lines[0].split(","); 
    30                 for (int j = 0; j < lineSplit.length - 3; j++) { 
    31                         atts.add(new Attribute(lineSplit[j + 2])); 
    32                 } 
    33                  
    34                 final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
    35                 classAttVals.add("0"); 
    36                 classAttVals.add("1"); 
    37                 final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
    38                 atts.add(classAtt); 
     33            lines = FileTools.getLinesFromFile(file.getAbsolutePath()); 
     34        } 
     35        catch (IOException e) { 
     36            throw new RuntimeException(e); 
     37        } 
    3938 
    40                 final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
    41                 data.setClass(classAtt); 
     39        // configure Instances 
     40        final ArrayList<Attribute> atts = new ArrayList<Attribute>(); 
    4241 
    43                 // fetch data 
    44                 for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
    45                         lineSplit = lines[i].split(","); 
    46                         double[] values = new double[lineSplit.length - 2]; 
    47                         for (int j = 0; j < values.length - 1; j++) { 
    48                                 values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + 2].trim()); 
    49                         } 
    50                         values[values.length - 1] = lineSplit[lineSplit.length - 1].trim() 
    51                                         .equals("0") ? 0 : 1; 
    52                         data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
    53                 } 
     42        String[] lineSplit = lines[0].split(","); 
     43        for (int j = 0; j < lineSplit.length - 3; j++) { 
     44            atts.add(new Attribute(lineSplit[j + 2])); 
     45        } 
    5446 
    55                 return data; 
    56         } 
     47        final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
     48        classAttVals.add("0"); 
     49        classAttVals.add("1"); 
     50        final Attribute classAtt = new Attribute("bug", classAttVals); 
     51        atts.add(classAtt); 
    5752 
    58         @Override 
    59         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    60                 return filename.endsWith(".csv"); 
    61         } 
     53        final Instances data = new Instances(file.getName(), atts, 0); 
     54        data.setClass(classAtt); 
     55 
     56        // fetch data 
     57        for (int i = 1; i < lines.length; i++) { 
     58            lineSplit = lines[i].split(","); 
     59            double[] values = new double[lineSplit.length - 2]; 
     60            for (int j = 0; j < values.length - 1; j++) { 
     61                values[j] = Double.parseDouble(lineSplit[j + 2].trim()); 
     62            } 
     63            values[values.length - 1] = lineSplit[lineSplit.length - 1].trim().equals("0") ? 0 : 1; 
     64            data.add(new DenseInstance(1.0, values)); 
     65        } 
     66 
     67        return data; 
     68    } 
     69 
     70    @Override 
     71    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     72        return filename.endsWith(".csv"); 
     73    } 
    6274 
    6375} 
    64  

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/CSVMockusFolderLoader.java

    r28 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    317public class CSVMockusFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    418 
    5         @Override 
    6         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    7                 return new CSVMockusDataLoader(); 
    8         } 
     19    @Override 
     20    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     21        return new CSVMockusDataLoader(); 
     22    } 
    923} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/DecentDataLoader.java

    r36 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    3852 
    3953/** 
    40  * Class for loading a decent model file. 
    41  * Loads a decent model file and (if no arff file is present) and does the 
    42  * following conversions:  
    43  * DECENT -> ARFFX -> ARFF 
     54 * Class for loading a decent model file. Loads a decent model file and (if no arff file is present) 
     55 * and does the following conversions: DECENT -> ARFFX -> ARFF 
    4456 *  
    4557 * @author Fabian Trautsch 
    46  * 
     58 *  
    4759 */ 
    48 public class DecentDataLoader implements SingleVersionLoader{ 
    49  
    50         // Model Handler for Decent Models 
    51         private DECENTEpsilonModelHandler modelHandler = new DECENTEpsilonModelHandler(); 
    52          
    53         // Set log level 
    54         String logLevel = "1"; 
    55         String logToFile = "false"; 
    56                  
    57         // This list contains attributes, that should be removed before building the arff file 
    58         private static List<String> attributeFilter = new LinkedList<String>(); 
    59          
    60         // This list contains all names of the different artifacts 
    61         private static Set<String> artifactNames = new LinkedHashSet<String>(); 
    62          
    63         // Name of the class attribute. 
    64         private static final String classAttributeName = "LABEL.Artifact.Target.BugFix.AverageWeight"; 
    65          
    66          
    67         private int getIndexOfArtifactName(String artifactName) { 
    68                 int index = -1; 
    69                 if(artifactNames.contains(artifactName)) { 
    70                         int i=0; 
    71                         for(String nameInSet: artifactNames) { 
    72                                 if(nameInSet.equals(artifactName)) { 
    73                                         index = i; 
    74                                 } else { 
    75                                         i++; 
    76                                 } 
    77                         } 
    78                 } 
    79                  
    80                 return index; 
    81         } 
    82          
    83         /** 
    84          * Defines attributes, that should be removed before building the 
    85          * ARFF File from. 
    86          */ 
    87         private void setAttributeFilter() { 
    88                 attributeFilter.add("Agent.Name"); 
    89          
    90         } 
    91          
    92         /** 
    93          * Saves the dataset as arff after transformation (decent->arffx) and 
    94          * filtering 
    95          *  
    96          * @param dataSet the WEKA dataset to save 
    97          * @param arffLocation location where it should be saved to 
    98          */ 
    99         public void save(Instances dataSet, String arffLocation) { 
    100                  
    101                  
    102                 ArffSaver saver = new ArffSaver(); 
    103                 saver.setInstances(dataSet); 
    104                 try { 
    105                         saver.setFile(new File(arffLocation)); 
    106                         saver.writeBatch(); 
    107                 } catch (IOException e) { 
    108                         Console.printerrln("Cannot save the file to path: "+arffLocation); 
    109                         e.printStackTrace(); 
    110                 } 
    111         } 
    112  
    113          
    114         /** 
    115          * Loads the given decent file and tranform it from decent->arffx->arff 
    116          * @return Instances in WEKA format 
    117          */ 
    118         @Override 
    119         public Instances load(File file) { 
    120                  
    121                 // Set attributeFilter 
    122                 setAttributeFilter(); 
    123                  
    124                 // Register MetaModels 
    125                 try { 
    126                         registerMetaModels(); 
    127                 } catch (Exception e1) { 
    128                         Console.printerrln("Metamodels cannot be registered!"); 
    129                         e1.printStackTrace(); 
    130                 } 
    131  
    132                 // Set location of decent and arffx Model 
    133                 String decentModelLocation = file.getAbsolutePath(); 
    134                 String pathToDecentModelFolder = decentModelLocation.substring(0,decentModelLocation.lastIndexOf(File.separator)); 
    135                 String arffxModelLocation = pathToDecentModelFolder+"/model.arffx"; 
    136                 String logModelLocation = pathToDecentModelFolder+"/model.log"; 
    137                 String arffLocation = pathToDecentModelFolder+"/model.arff"; 
    138                  
    139                 // If arff File exists, load from it! 
    140                 if(new File(arffLocation).exists()) { 
    141                         System.out.println("Loading arff File..."); 
    142                          BufferedReader reader; 
    143                          Instances data = null; 
    144                         try { 
    145                                 reader = new BufferedReader(new FileReader(arffLocation)); 
    146                                 data = new Instances(reader); 
    147                                 reader.close(); 
    148                         } catch (FileNotFoundException e) { 
    149                                 Console.printerrln("File with path: "+arffLocation+" was not found."); 
    150                                 e.printStackTrace(); 
    151                         } catch (IOException e) { 
    152                                 Console.printerrln("File with path: "+arffLocation+" cannot be read."); 
    153                                 e.printStackTrace(); 
    154                         } 
    155                          
    156                         // Set class attribute if not set 
    157                         if(data.classIndex() == -1) { 
    158                                 Attribute classAttribute = data.attribute(classAttributeName); 
    159                                 data.setClass(classAttribute); 
    160                         } 
    161                          
    162                          
    163                         return data; 
    164                 } 
    165                  
    166                 // Location of EOL Scripts 
    167                 String preprocess = "./decent/epsilon/query/preprocess.eol";     
    168                 String arffxToArffSource = "./decent/epsilon/query/addLabels.eol"; 
    169                  
    170                 // Set Log Properties 
    171                 System.setProperty("epsilon.logLevel", logLevel); 
    172                 System.setProperty("epsilon.logToFile", logToFile); 
    173                 System.setProperty("epsilon.logFileAvailable", "false"); 
    174                  
    175                 // Set decent2arffx Properties 
    176                 System.setProperty("epsilon.transformation.decent2arffx.skipSource", "false"); 
    177                 System.setProperty("epsilon.transformation.decent2arffx.type", "code"); 
    178                  
    179                  
    180                  
    181                 // Preprocess Data, transform from decent2arffx 
    182                 try { 
    183                         IEolExecutableModule preProcessModule = loadModule(preprocess); 
    184                         IModel preProcessDecentModel = modelHandler.getDECENTModel(decentModelLocation, true, true); 
    185                         IModel preProcessArffxarffxModel = modelHandler.getARFFxModel(arffxModelLocation, false, true); 
    186                         preProcessModule.getContext().getModelRepository().addModel(preProcessDecentModel); 
    187                         preProcessModule.getContext().getModelRepository().addModel(preProcessArffxarffxModel); 
    188                         execute(preProcessModule, logModelLocation); 
    189                         preProcessDecentModel.dispose(); 
    190                         preProcessArffxarffxModel.dispose(); 
    191                         preProcessModule.reset(); 
    192                 } catch (URISyntaxException e) { 
    193                         Console.printerrln("URI Syntax for decent or arffx model is wrong."); 
    194                         e.printStackTrace(); 
    195                 } catch (Exception e) { 
    196                         e.printStackTrace(); 
    197                 } 
    198                  
    199                  
    200                  
    201                  
    202                 // Transform to arff, for label and confidence attributes 
    203                 try { 
    204                         IEolExecutableModule arffxToArffModule = loadModule(arffxToArffSource); 
    205                         IModel arffxToArffArffxModel = modelHandler.getARFFxModel(arffxModelLocation, true, true); 
    206                         arffxToArffModule.getContext().getModelRepository().addModel(arffxToArffArffxModel); 
    207                         execute(arffxToArffModule, logModelLocation); 
    208                         arffxToArffArffxModel.dispose(); 
    209                         // can be stored and retained alternatively 
    210                         arffxToArffModule.reset(); 
    211                 } catch (URISyntaxException e) { 
    212                         Console.printerrln("URI Syntax for arffx model is wrong."); 
    213                         e.printStackTrace(); 
    214                 } catch (Exception e) { 
    215                         e.printStackTrace(); 
    216                 } 
    217  
    218                 // Unregister MetaModels, otherwise cast will fail 
    219                 HashMap<String, Object> metaModelCache = new HashMap<>(); 
    220                 for (String key : EPackage.Registry.INSTANCE.keySet()) { 
    221                         metaModelCache.put(key, EPackage.Registry.INSTANCE.get(key)); 
    222                 }; 
    223                  
    224                 for (String key : metaModelCache .keySet()) { 
    225                         EPackage.Registry.INSTANCE.remove(key); 
    226                 }; 
    227                  
    228                  
    229                 // Workaround to gernerate a usable URI. Absolute path is not 
    230                 // possible, therefore we need to construct a relative path 
    231                  
    232                 URL location = DecentDataLoader.class.getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation(); 
    233                 String basePath = location.getFile(); 
    234                  
    235                 // Location is the bin folder, so we need to delete the last 4 characters 
    236                 basePath = basePath.substring(0, basePath.length() - 4); 
    237                 String relativePath = new File(basePath).toURI().relativize(new File(arffxModelLocation).toURI()).getPath(); 
    238                  
    239                 // Loard arffx file and create WEKA Instances 
    240                 ARFFxResourceTool tool = new ARFFxResourceTool(); 
    241                 Resource resource = tool.loadResourceFromXMI(relativePath, "arffx"); 
    242                  
    243                 Instances dataSet = null; 
    244                 for(EObject o: resource.getContents()) { 
    245                         Model m = (Model) o; 
    246                         dataSet = createWekaDataFormat(m); 
    247  
    248                         for(Instance i : m.getData()) { 
    249                                 createWekaInstance(dataSet, i); 
    250                         } 
    251                 } 
    252                  
    253                 // Set class attribute 
    254                 Attribute classAttribute = dataSet.attribute(classAttributeName); 
    255                 dataSet.setClass(classAttribute); 
    256                  
    257                 // Save as ARFF 
    258                 save(dataSet, arffLocation); 
    259                  
    260                 return dataSet; 
    261          
    262         }        
    263          
    264          
    265         /** 
    266          * Creates a WekaInstance from an ARFFX Model Instance 
    267          *  
    268          * @param dataSet WekaInstance dataset, where the arffx model instances should be 
    269          * added to 
    270          * @param i arffx model instance 
    271          */ 
    272         private void createWekaInstance(Instances dataSet, Instance i) {          
    273                 double[] values = new double[dataSet.numAttributes()]; 
    274                 int j=0; 
    275                  
    276                 for(Value value : i.getValues()) { 
    277                         String dataValue = value.getContent();  
    278                         String attributeName = value.getOfAttribute().getName(); 
    279                          
    280                         if(attributeFilter.contains(attributeName)) { 
    281                                 continue; 
    282                         } 
    283                          
    284                         // Is value a LABEL.* attribute? 
    285                         if(isLabel(attributeName)) { 
    286                                 values[j] = dataSet.attribute(j).indexOfValue(dataValue); 
    287                         } else if (isConfidenceLabel(attributeName)){ 
    288                                 // Is value a CONFIDENCE.* attribute? 
    289                                 values[j] = dataSet.attribute(j).indexOfValue(dataValue); 
    290                         } else if(attributeName.equals("Artifact.Name")){ 
    291                                 // Is it the name of the artifact? 
    292                                 artifactNames.add(dataValue); 
    293                                 values[j] = getIndexOfArtifactName(dataValue); 
    294                         } else { 
    295                                 // Is it a numeric value? 
    296                                 values[j] = Double.parseDouble(dataValue); 
    297                         } 
    298                          
    299                         j++; 
    300                 } 
    301                  
    302                 DenseInstance inst = new DenseInstance(1.0, values); 
    303                 dataSet.add(inst); 
    304         } 
    305                  
    306         /** 
    307          * Creates a Weka Instances set out of a arffx model 
    308          * @param m arffx model 
    309          * @return 
    310          */ 
    311         private Instances createWekaDataFormat(Model m) { 
    312                  
    313                 // Bad solution, can be enhanced (continue in for loop) 
    314                 ArrayList<Attribute> datasetAttributes = new  ArrayList<Attribute>(); 
    315                 for(de.ugoe.cs.cpdp.decentApp.models.arffx.Attribute attribute :m.getAttributes()) { 
    316                         String attributeName = attribute.getName(); 
    317  
    318                         if(attributeFilter.contains(attributeName)) { 
    319                                 continue; 
    320                         } 
    321                          
    322                         Attribute wekaAttr; 
    323                          
    324                         // Is attribute a LABEL.* attribute? 
    325                         if(isLabel(attributeName)) { 
    326                                 // Classattribute 
    327                                 final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
    328                                 classAttVals.add("false"); 
    329                                 classAttVals.add("true"); 
    330                                 wekaAttr = new Attribute(attributeName, classAttVals); 
    331                         } else if(isConfidenceLabel(attributeName)){ 
    332                                 // Is attribute a CONFIDENCE.* attribute? 
    333                                 ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>(); 
    334                                 labels.add("high"); 
    335                                 labels.add("low"); 
    336                                 wekaAttr = new Attribute(attributeName, labels); 
    337                         } else { 
    338                                 // Is it a numeric attribute? 
    339                                 wekaAttr = new Attribute(attributeName); 
    340                         } 
    341                          
    342                         datasetAttributes.add(wekaAttr); 
    343                 } 
    344                  
    345                  
    346                 return new Instances("test-dataset", datasetAttributes, 0); 
    347         } 
    348          
    349         /** 
    350          * Helper methods which indicates if the given value starts with "LABEL" 
    351          *  
    352          * @param value to test 
    353          * @return 
    354          */ 
    355         private boolean isLabel(String value) { 
    356                 if(value.length()>= 5 && value.substring(0, 5).equals("LABEL")) { 
    357                         return true; 
    358                 } 
    359                  
    360                 return false; 
    361         } 
    362          
    363         /** 
    364          * Helper method which indicates if the given value starts with "CONFIDENCE" 
    365          * @param value to test 
    366          * @return 
    367          */ 
    368         private boolean isConfidenceLabel(String value) { 
    369                 if(value.length()>= 10 && value.substring(0, 10).equals("CONFIDENCE")) { 
    370                         return true; 
    371                 } 
    372                  
    373                 return false; 
    374         } 
    375  
    376          
    377         /** 
    378          * Returns if a filename ends with ".decent" 
    379          * @return 
    380          */ 
    381         @Override 
    382         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    383                 return filename.endsWith(".decent"); 
    384         } 
    385          
    386         /** 
    387          * Helper method for executing a eol scripts and adding the log model beforehand 
    388          * @param module module to execute 
    389          * @param logModelLocation location of the log model 
    390          * @throws Exception 
    391          */ 
    392         private void execute(IEolExecutableModule module, String logModelLocation) 
    393                         throws Exception { 
    394                 IModel logModel = modelHandler.getLOGModel(logModelLocation, true, true); 
    395                 module.getContext().getModelRepository().addModel(logModel); 
    396                 module.execute(); 
    397                 logModel.dispose(); 
    398         } 
    399  
    400         /** 
    401          * Loads the module from a given source 
    402          *  
    403          * @param source where the module is (e.g. eol script) 
    404          * @return 
    405          * @throws Exception 
    406          * @throws URISyntaxException 
    407          */ 
    408         private IEolExecutableModule loadModule(String source) throws Exception, 
    409         URISyntaxException { 
    410  
    411                 IEolExecutableModule module = null; 
    412                 if (source.endsWith("etl")) { 
    413                         module = new EtlModule(); 
    414                 } else if (source.endsWith("eol")) { 
    415                         module = new EolModule(); 
    416                 } else { 
    417                  
    418                 } 
    419                  
    420                 module.parse(modelHandler.getFile(source)); 
    421                  
    422                 if (module.getParseProblems().size() > 0) { 
    423                         Console.printerrln("Parse error occured..."); 
    424                         for (ParseProblem problem : module.getParseProblems()) { 
    425                                 System.err.println(problem.toString()); 
    426                         } 
    427                         // System.exit(-1); 
    428                 } 
    429                  
    430                 return module; 
    431         } 
    432          
    433         /** 
    434          * Helper method for registering the metamodels 
    435          * @throws Exception 
    436          */ 
    437         private void registerMetaModels() throws Exception { 
    438                 String metaModelsPath = DECENTEpsilonModelHandler.metaPath; 
    439                 File metaModelsLocation = new File(metaModelsPath); 
    440                 for (File file : metaModelsLocation.listFiles()) { 
    441                         if (file.getName().endsWith(".ecore")) { 
    442                                 EmfUtil.register(URI.createFileURI(file.getAbsolutePath()), EPackage.Registry.INSTANCE); 
    443                         } 
    444                 } 
    445         } 
    446          
     60public class DecentDataLoader implements SingleVersionLoader { 
     61 
     62    // Model Handler for Decent Models 
     63    private DECENTEpsilonModelHandler modelHandler = new DECENTEpsilonModelHandler(); 
     64 
     65    // Set log level 
     66    String logLevel = "1"; 
     67    String logToFile = "false"; 
     68 
     69    // This list contains attributes, that should be removed before building the arff file 
     70    private static List<String> attributeFilter = new LinkedList<String>(); 
     71 
     72    // This list contains all names of the different artifacts 
     73    private static Set<String> artifactNames = new LinkedHashSet<String>(); 
     74 
     75    // Name of the class attribute. 
     76    private static final String classAttributeName = "LABEL.Artifact.Target.BugFix.AverageWeight"; 
     77 
     78    private int getIndexOfArtifactName(String artifactName) { 
     79        int index = -1; 
     80        if (artifactNames.contains(artifactName)) { 
     81            int i = 0; 
     82            for (String nameInSet : artifactNames) { 
     83                if (nameInSet.equals(artifactName)) { 
     84                    index = i; 
     85                } 
     86                else { 
     87                    i++; 
     88                } 
     89            } 
     90        } 
     91 
     92        return index; 
     93    } 
     94 
     95    /** 
     96     * Defines attributes, that should be removed before building the ARFF File from. 
     97     */ 
     98    private void setAttributeFilter() { 
     99        attributeFilter.add("Agent.Name"); 
     100 
     101    } 
     102 
     103    /** 
     104     * Saves the dataset as arff after transformation (decent->arffx) and filtering 
     105     *  
     106     * @param dataSet 
     107     *            the WEKA dataset to save 
     108     * @param arffLocation 
     109     *            location where it should be saved to 
     110     */ 
     111    public void save(Instances dataSet, String arffLocation) { 
     112 
     113        ArffSaver saver = new ArffSaver(); 
     114        saver.setInstances(dataSet); 
     115        try { 
     116            saver.setFile(new File(arffLocation)); 
     117            saver.writeBatch(); 
     118        } 
     119        catch (IOException e) { 
     120            Console.printerrln("Cannot save the file to path: " + arffLocation); 
     121            e.printStackTrace(); 
     122        } 
     123    } 
     124 
     125    /** 
     126     * Loads the given decent file and tranform it from decent->arffx->arff 
     127     *  
     128     * @return Instances in WEKA format 
     129     */ 
     130    @Override 
     131    public Instances load(File file) { 
     132 
     133        // Set attributeFilter 
     134        setAttributeFilter(); 
     135 
     136        // Register MetaModels 
     137        try { 
     138            registerMetaModels(); 
     139        } 
     140        catch (Exception e1) { 
     141            Console.printerrln("Metamodels cannot be registered!"); 
     142            e1.printStackTrace(); 
     143        } 
     144 
     145        // Set location of decent and arffx Model 
     146        String decentModelLocation = file.getAbsolutePath(); 
     147        String pathToDecentModelFolder = 
     148            decentModelLocation.substring(0, decentModelLocation.lastIndexOf(File.separator)); 
     149        String arffxModelLocation = pathToDecentModelFolder + "/model.arffx"; 
     150        String logModelLocation = pathToDecentModelFolder + "/model.log"; 
     151        String arffLocation = pathToDecentModelFolder + "/model.arff"; 
     152 
     153        // If arff File exists, load from it! 
     154        if (new File(arffLocation).exists()) { 
     155            System.out.println("Loading arff File..."); 
     156            BufferedReader reader; 
     157            Instances data = null; 
     158            try { 
     159                reader = new BufferedReader(new FileReader(arffLocation)); 
     160                data = new Instances(reader); 
     161                reader.close(); 
     162            } 
     163            catch (FileNotFoundException e) { 
     164                Console.printerrln("File with path: " + arffLocation + " was not found."); 
     165                e.printStackTrace(); 
     166            } 
     167            catch (IOException e) { 
     168                Console.printerrln("File with path: " + arffLocation + " cannot be read."); 
     169                e.printStackTrace(); 
     170            } 
     171 
     172            // Set class attribute if not set 
     173            if (data.classIndex() == -1) { 
     174                Attribute classAttribute = data.attribute(classAttributeName); 
     175                data.setClass(classAttribute); 
     176            } 
     177 
     178            return data; 
     179        } 
     180 
     181        // Location of EOL Scripts 
     182        String preprocess = "./decent/epsilon/query/preprocess.eol"; 
     183        String arffxToArffSource = "./decent/epsilon/query/addLabels.eol"; 
     184 
     185        // Set Log Properties 
     186        System.setProperty("epsilon.logLevel", logLevel); 
     187        System.setProperty("epsilon.logToFile", logToFile); 
     188        System.setProperty("epsilon.logFileAvailable", "false"); 
     189 
     190        // Set decent2arffx Properties 
     191        System.setProperty("epsilon.transformation.decent2arffx.skipSource", "false"); 
     192        System.setProperty("epsilon.transformation.decent2arffx.type", "code"); 
     193 
     194        // Preprocess Data, transform from decent2arffx 
     195        try { 
     196            IEolExecutableModule preProcessModule = loadModule(preprocess); 
     197            IModel preProcessDecentModel = 
     198                modelHandler.getDECENTModel(decentModelLocation, true, true); 
     199            IModel preProcessArffxarffxModel = 
     200                modelHandler.getARFFxModel(arffxModelLocation, false, true); 
     201            preProcessModule.getContext().getModelRepository().addModel(preProcessDecentModel); 
     202            preProcessModule.getContext().getModelRepository().addModel(preProcessArffxarffxModel); 
     203            execute(preProcessModule, logModelLocation); 
     204            preProcessDecentModel.dispose(); 
     205            preProcessArffxarffxModel.dispose(); 
     206            preProcessModule.reset(); 
     207        } 
     208        catch (URISyntaxException e) { 
     209            Console.printerrln("URI Syntax for decent or arffx model is wrong."); 
     210            e.printStackTrace(); 
     211        } 
     212        catch (Exception e) { 
     213            e.printStackTrace(); 
     214        } 
     215 
     216        // Transform to arff, for label and confidence attributes 
     217        try { 
     218            IEolExecutableModule arffxToArffModule = loadModule(arffxToArffSource); 
     219            IModel arffxToArffArffxModel = 
     220                modelHandler.getARFFxModel(arffxModelLocation, true, true); 
     221            arffxToArffModule.getContext().getModelRepository().addModel(arffxToArffArffxModel); 
     222            execute(arffxToArffModule, logModelLocation); 
     223            arffxToArffArffxModel.dispose(); 
     224            // can be stored and retained alternatively 
     225            arffxToArffModule.reset(); 
     226        } 
     227        catch (URISyntaxException e) { 
     228            Console.printerrln("URI Syntax for arffx model is wrong."); 
     229            e.printStackTrace(); 
     230        } 
     231        catch (Exception e) { 
     232            e.printStackTrace(); 
     233        } 
     234 
     235        // Unregister MetaModels, otherwise cast will fail 
     236        HashMap<String, Object> metaModelCache = new HashMap<>(); 
     237        for (String key : EPackage.Registry.INSTANCE.keySet()) { 
     238            metaModelCache.put(key, EPackage.Registry.INSTANCE.get(key)); 
     239        }; 
     240 
     241        for (String key : metaModelCache.keySet()) { 
     242            EPackage.Registry.INSTANCE.remove(key); 
     243        }; 
     244 
     245        // Workaround to gernerate a usable URI. Absolute path is not 
     246        // possible, therefore we need to construct a relative path 
     247 
     248        URL location = DecentDataLoader.class.getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation(); 
     249        String basePath = location.getFile(); 
     250 
     251        // Location is the bin folder, so we need to delete the last 4 characters 
     252        basePath = basePath.substring(0, basePath.length() - 4); 
     253        String relativePath = 
     254            new File(basePath).toURI().relativize(new File(arffxModelLocation).toURI()).getPath(); 
     255 
     256        // Loard arffx file and create WEKA Instances 
     257        ARFFxResourceTool tool = new ARFFxResourceTool(); 
     258        Resource resource = tool.loadResourceFromXMI(relativePath, "arffx"); 
     259 
     260        Instances dataSet = null; 
     261        for (EObject o : resource.getContents()) { 
     262            Model m = (Model) o; 
     263            dataSet = createWekaDataFormat(m); 
     264 
     265            for (Instance i : m.getData()) { 
     266                createWekaInstance(dataSet, i); 
     267            } 
     268        } 
     269 
     270        // Set class attribute 
     271        Attribute classAttribute = dataSet.attribute(classAttributeName); 
     272        dataSet.setClass(classAttribute); 
     273 
     274        // Save as ARFF 
     275        save(dataSet, arffLocation); 
     276 
     277        return dataSet; 
     278 
     279    } 
     280 
     281    /** 
     282     * Creates a WekaInstance from an ARFFX Model Instance 
     283     *  
     284     * @param dataSet 
     285     *            WekaInstance dataset, where the arffx model instances should be added to 
     286     * @param i 
     287     *            arffx model instance 
     288     */ 
     289    private void createWekaInstance(Instances dataSet, Instance i) { 
     290        double[] values = new double[dataSet.numAttributes()]; 
     291        int j = 0; 
     292 
     293        for (Value value : i.getValues()) { 
     294            String dataValue = value.getContent(); 
     295            String attributeName = value.getOfAttribute().getName(); 
     296 
     297            if (attributeFilter.contains(attributeName)) { 
     298                continue; 
     299            } 
     300 
     301            // Is value a LABEL.* attribute? 
     302            if (isLabel(attributeName)) { 
     303                values[j] = dataSet.attribute(j).indexOfValue(dataValue); 
     304            } 
     305            else if (isConfidenceLabel(attributeName)) { 
     306                // Is value a CONFIDENCE.* attribute? 
     307                values[j] = dataSet.attribute(j).indexOfValue(dataValue); 
     308            } 
     309            else if (attributeName.equals("Artifact.Name")) { 
     310                // Is it the name of the artifact? 
     311                artifactNames.add(dataValue); 
     312                values[j] = getIndexOfArtifactName(dataValue); 
     313            } 
     314            else { 
     315                // Is it a numeric value? 
     316                values[j] = Double.parseDouble(dataValue); 
     317            } 
     318 
     319            j++; 
     320        } 
     321 
     322        DenseInstance inst = new DenseInstance(1.0, values); 
     323        dataSet.add(inst); 
     324    } 
     325 
     326    /** 
     327     * Creates a Weka Instances set out of a arffx model 
     328     *  
     329     * @param m 
     330     *            arffx model 
     331     * @return 
     332     */ 
     333    private Instances createWekaDataFormat(Model m) { 
     334 
     335        // Bad solution, can be enhanced (continue in for loop) 
     336        ArrayList<Attribute> datasetAttributes = new ArrayList<Attribute>(); 
     337        for (de.ugoe.cs.cpdp.decentApp.models.arffx.Attribute attribute : m.getAttributes()) { 
     338            String attributeName = attribute.getName(); 
     339 
     340            if (attributeFilter.contains(attributeName)) { 
     341                continue; 
     342            } 
     343 
     344            Attribute wekaAttr; 
     345 
     346            // Is attribute a LABEL.* attribute? 
     347            if (isLabel(attributeName)) { 
     348                // Classattribute 
     349                final ArrayList<String> classAttVals = new ArrayList<String>(); 
     350                classAttVals.add("false"); 
     351                classAttVals.add("true"); 
     352                wekaAttr = new Attribute(attributeName, classAttVals); 
     353            } 
     354            else if (isConfidenceLabel(attributeName)) { 
     355                // Is attribute a CONFIDENCE.* attribute? 
     356                ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>(); 
     357                labels.add("high"); 
     358                labels.add("low"); 
     359                wekaAttr = new Attribute(attributeName, labels); 
     360            } 
     361            else { 
     362                // Is it a numeric attribute? 
     363                wekaAttr = new Attribute(attributeName); 
     364            } 
     365 
     366            datasetAttributes.add(wekaAttr); 
     367        } 
     368 
     369        return new Instances("test-dataset", datasetAttributes, 0); 
     370    } 
     371 
     372    /** 
     373     * Helper methods which indicates if the given value starts with "LABEL" 
     374     *  
     375     * @param value 
     376     *            to test 
     377     * @return 
     378     */ 
     379    private boolean isLabel(String value) { 
     380        if (value.length() >= 5 && value.substring(0, 5).equals("LABEL")) { 
     381            return true; 
     382        } 
     383 
     384        return false; 
     385    } 
     386 
     387    /** 
     388     * Helper method which indicates if the given value starts with "CONFIDENCE" 
     389     *  
     390     * @param value 
     391     *            to test 
     392     * @return 
     393     */ 
     394    private boolean isConfidenceLabel(String value) { 
     395        if (value.length() >= 10 && value.substring(0, 10).equals("CONFIDENCE")) { 
     396            return true; 
     397        } 
     398 
     399        return false; 
     400    } 
     401 
     402    /** 
     403     * Returns if a filename ends with ".decent" 
     404     *  
     405     * @return 
     406     */ 
     407    @Override 
     408    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     409        return filename.endsWith(".decent"); 
     410    } 
     411 
     412    /** 
     413     * Helper method for executing a eol scripts and adding the log model beforehand 
     414     *  
     415     * @param module 
     416     *            module to execute 
     417     * @param logModelLocation 
     418     *            location of the log model 
     419     * @throws Exception 
     420     */ 
     421    private void execute(IEolExecutableModule module, String logModelLocation) throws Exception { 
     422        IModel logModel = modelHandler.getLOGModel(logModelLocation, true, true); 
     423        module.getContext().getModelRepository().addModel(logModel); 
     424        module.execute(); 
     425        logModel.dispose(); 
     426    } 
     427 
     428    /** 
     429     * Loads the module from a given source 
     430     *  
     431     * @param source 
     432     *            where the module is (e.g. eol script) 
     433     * @return 
     434     * @throws Exception 
     435     * @throws URISyntaxException 
     436     */ 
     437    private IEolExecutableModule loadModule(String source) throws Exception, URISyntaxException { 
     438 
     439        IEolExecutableModule module = null; 
     440        if (source.endsWith("etl")) { 
     441            module = new EtlModule(); 
     442        } 
     443        else if (source.endsWith("eol")) { 
     444            module = new EolModule(); 
     445        } 
     446        else { 
     447 
     448        } 
     449 
     450        module.parse(modelHandler.getFile(source)); 
     451 
     452        if (module.getParseProblems().size() > 0) { 
     453            Console.printerrln("Parse error occured..."); 
     454            for (ParseProblem problem : module.getParseProblems()) { 
     455                System.err.println(problem.toString()); 
     456            } 
     457            // System.exit(-1); 
     458        } 
     459 
     460        return module; 
     461    } 
     462 
     463    /** 
     464     * Helper method for registering the metamodels 
     465     *  
     466     * @throws Exception 
     467     */ 
     468    private void registerMetaModels() throws Exception { 
     469        String metaModelsPath = DECENTEpsilonModelHandler.metaPath; 
     470        File metaModelsLocation = new File(metaModelsPath); 
     471        for (File file : metaModelsLocation.listFiles()) { 
     472            if (file.getName().endsWith(".ecore")) { 
     473                EmfUtil.register(URI.createFileURI(file.getAbsolutePath()), 
     474                                 EPackage.Registry.INSTANCE); 
     475            } 
     476        } 
     477    } 
     478 
    447479} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/DecentFolderLoader.java

    r32 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1630public class DecentFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    1731 
    18         /* 
    19          * (non-Javadoc) 
    20          *  
    21          * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
    22          */ 
    23         @Override 
    24         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    25                 return new DecentDataLoader(); 
    26         } 
    27          
    28         /** 
    29          * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.IVersionLoader#load() 
    30          */ 
    31         @Override 
    32         public List<SoftwareVersion> load() { 
    33                 final List<SoftwareVersion> versions = new LinkedList<SoftwareVersion>(); 
     32    /* 
     33     * (non-Javadoc) 
     34     *  
     35     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
     36     */ 
     37    @Override 
     38    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     39        return new DecentDataLoader(); 
     40    } 
    3441 
    35                 final File dataDir = new File(path); 
    36                 final SingleVersionLoader instancesLoader = getSingleLoader(); 
     42    /** 
     43     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.IVersionLoader#load() 
     44     */ 
     45    @Override 
     46    public List<SoftwareVersion> load() { 
     47        final List<SoftwareVersion> versions = new LinkedList<SoftwareVersion>(); 
    3748 
    38                 String projectName = dataDir.getName(); 
    39                  
    40                  
    41                 /* 
    42                  * The following lines make it possible, that we can have two different possibilities 
    43                  * to load data: 
    44                  * 1) From one project (e.g. /decent/input/project1) 
    45                  * 2) From more than one project (e.g. /decent/input/) 
    46                  *  
    47                  * Requirement is, that we have a folder structure like this: 
    48                  * "/decent/input/project1/model.decent, /decent/input/project2/model.decent, ..." 
    49                  *  
    50                  * In the first one the "else" is executed, therefore it will just search the folder "project1" 
    51                  * for a "model.decent" file. In the second one, it will look into each folder and searches for 
    52                  * "model.decent" files. 
    53                  */ 
    54                 for (File projectDir : dataDir.listFiles()) { 
    55                         if (projectDir.isDirectory()) { 
    56                                 projectName = projectDir.getName(); 
    57                                 for (File versionFile : projectDir.listFiles()) { 
    58                                         loadDataFromFile(versionFile,instancesLoader, projectName, versions); 
    59                                 } 
    60                         } else { 
    61                                 loadDataFromFile(projectDir, instancesLoader, projectName, versions); 
    62                         } 
    63                 } 
    64                 return versions; 
    65         } 
    66          
    67         /** 
    68          * Loads data from a file and adds the instances from the load method to the  
    69          * versions List. 
    70          *  
    71          * @param versionFile file to load from 
    72          * @param instancesLoader loader that should be used 
    73          * @param projectName name of the project which was loaded 
    74          * @param versions list, where the weka instances are added to 
    75          */ 
    76          
    77         private void loadDataFromFile(File versionFile,  
    78                         SingleVersionLoader instancesLoader, String projectName, List<SoftwareVersion> versions) { 
    79                 if (versionFile.isFile() 
    80                                 && instancesLoader.filenameFilter(versionFile 
    81                                                 .getName())) { 
    82                         String versionName = versionFile.getName(); 
    83                         Instances data = instancesLoader.load(versionFile); 
    84                         versions.add(new SoftwareVersion(projectName, 
    85                                         versionName, data)); 
    86                 } 
    87         } 
     49        final File dataDir = new File(path); 
     50        final SingleVersionLoader instancesLoader = getSingleLoader(); 
     51 
     52        String projectName = dataDir.getName(); 
     53 
     54        /* 
     55         * The following lines make it possible, that we can have two different possibilities to 
     56         * load data: 1) From one project (e.g. /decent/input/project1) 2) From more than one 
     57         * project (e.g. /decent/input/) 
     58         *  
     59         * Requirement is, that we have a folder structure like this: 
     60         * "/decent/input/project1/model.decent, /decent/input/project2/model.decent, ..." 
     61         *  
     62         * In the first one the "else" is executed, therefore it will just search the folder 
     63         * "project1" for a "model.decent" file. In the second one, it will look into each folder 
     64         * and searches for "model.decent" files. 
     65         */ 
     66        for (File projectDir : dataDir.listFiles()) { 
     67            if (projectDir.isDirectory()) { 
     68                projectName = projectDir.getName(); 
     69                for (File versionFile : projectDir.listFiles()) { 
     70                    loadDataFromFile(versionFile, instancesLoader, projectName, versions); 
     71                } 
     72            } 
     73            else { 
     74                loadDataFromFile(projectDir, instancesLoader, projectName, versions); 
     75            } 
     76        } 
     77        return versions; 
     78    } 
     79 
     80    /** 
     81     * Loads data from a file and adds the instances from the load method to the versions List. 
     82     *  
     83     * @param versionFile 
     84     *            file to load from 
     85     * @param instancesLoader 
     86     *            loader that should be used 
     87     * @param projectName 
     88     *            name of the project which was loaded 
     89     * @param versions 
     90     *            list, where the weka instances are added to 
     91     */ 
     92 
     93    private void loadDataFromFile(File versionFile, 
     94                                  SingleVersionLoader instancesLoader, 
     95                                  String projectName, 
     96                                  List<SoftwareVersion> versions) 
     97    { 
     98        if (versionFile.isFile() && instancesLoader.filenameFilter(versionFile.getName())) { 
     99            String versionName = versionFile.getName(); 
     100            Instances data = instancesLoader.load(versionFile); 
     101            versions.add(new SoftwareVersion(projectName, versionName, data)); 
     102        } 
     103    } 
    88104 
    89105} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/IDecentVersionLoader.java

    r32 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    519import de.ugoe.cs.cpdp.versions.SoftwareVersion; 
    620 
    7 public interface IDecentVersionLoader extends IVersionLoader{ 
    8          
    9         public List<SoftwareVersion> load(List<String> decentAttributes); 
     21public interface IDecentVersionLoader extends IVersionLoader { 
     22 
     23    public List<SoftwareVersion> load(List<String> decentAttributes); 
    1024 
    1125} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/IVersionLoader.java

    r32 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1226public interface IVersionLoader { 
    1327 
    14         /** 
    15         * Sets the location of the data. 
    16         *  
    17         * @param location 
    18         *            location of the data 
    19         */ 
    20         public void setLocation(String location); 
     28    /** 
     29    * Sets the location of the data. 
     30    *  
     31    * @param location 
     32    *            location of the data 
     33    */ 
     34    public void setLocation(String location); 
    2135 
    22         /** 
    23         * Loads the data. 
    24         *  
    25         * @return the data 
    26         */ 
    27         public List<SoftwareVersion> load(); 
     36    /** 
     37    * Loads the data. 
     38    *  
     39    * @return the data 
     40    */ 
     41    public List<SoftwareVersion> load(); 
    2842 
    2943} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/NasaARFFFolderLoader.java

    r4 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    317/** 
    4  * Implements the {@link AbstractFolderLoader} for the NASA/SOFTLAB/MDP data 
    5  * set. 
     18 * Implements the {@link AbstractFolderLoader} for the NASA/SOFTLAB/MDP data set. 
    619 *  
    720 * @author Steffen Herbold 
    … …  
    922public class NasaARFFFolderLoader extends AbstractFolderLoader { 
    1023 
    11         /* 
    12         * (non-Javadoc) 
    13         *  
    14         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
    15         */ 
    16         @Override 
    17         protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
    18                 return new NasaARFFLoader(); 
    19         } 
     24    /* 
     25    * (non-Javadoc) 
     26    *  
     27    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader#getSingleLoader() 
     28    */ 
     29    @Override 
     30    protected SingleVersionLoader getSingleLoader() { 
     31        return new NasaARFFLoader(); 
     32    } 
    2033 
    2134} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/NasaARFFLoader.java

    r4 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    1630 
    1731/** 
    18  * Loads the instances for a software version from an ARFF file of the 
    19  * NASA/SOFTLAB/MDP data. 
     32 * Loads the instances for a software version from an ARFF file of the NASA/SOFTLAB/MDP data. 
    2033 *  
    2134 * @author Steffen Herbold 
    … …  
    2336public class NasaARFFLoader implements SingleVersionLoader { 
    2437 
    25         /** 
    26          * used to map attributes the same attribute with different names to each 
    27          * other 
    28          */ 
    29         Map<String, String> attributeNameMap; 
    30  
    31         /** 
    32          * used to ensure that the attribute order is the same after loading 
    33          */ 
    34         List<String> attributeOrder; 
    35  
    36         /** 
    37          * Constructor. Creates a new NasaARFFLoader. 
    38          */ 
    39         public NasaARFFLoader() { 
    40                 attributeNameMap = new HashMap<>(); 
    41  
    42                 // Map entries for ar project 
    43                 attributeNameMap.put("total_loc", "LOC_TOTAL"); 
    44                 attributeNameMap.put("comment_loc", "LOC_COMMENTS"); 
    45                 attributeNameMap.put("code_and_comment_loc", "LOC_CODE_AND_COMMENT"); 
    46                 attributeNameMap.put("executable_loc", "LOC_EXECUTABLE"); 
    47                 attributeNameMap.put("unique_operands", "NUM_UNIQUE_OPERANDS"); 
    48                 attributeNameMap.put("unique_operators", "NUM_UNIQUE_OPERATORS"); 
    49                 attributeNameMap.put("total_operands", "NUM_OPERANDS"); 
    50                 attributeNameMap.put("total_operators", "NUM_OPERATORS"); 
    51                 attributeNameMap.put("halstead_length", "HALSTEAD_LENGTH"); 
    52                 attributeNameMap.put("halstead_volume", "HALSTEAD_VOLUME"); 
    53                 attributeNameMap.put("halstead_difficulty", "HALSTEAD_DIFFICULTY"); 
    54                 attributeNameMap.put("halstead_effort", "HALSTEAD_EFFORT"); 
    55                 attributeNameMap.put("halstead_error", "HALSTEAD_ERROR_EST"); 
    56                 attributeNameMap.put("halstead_time", "HALSTEAD_PROG_TIME"); 
    57                 attributeNameMap.put("branch_count", "BRANCH_COUNT"); 
    58                 attributeNameMap.put("cyclomatic_complexity", "CYCLOMATIC_COMPLEXITY"); 
    59                 attributeNameMap.put("design_complexity", "DESIGN_COMPLEXITY"); 
    60  
    61                 // Map entries for KC2 
    62                 attributeNameMap.put("loc", "LOC_TOTAL"); 
    63                 attributeNameMap.put("lOCode", "LOC_EXECUTABLE"); 
    64                 attributeNameMap.put("lOComment", "LOC_COMMENTS"); 
    65                 attributeNameMap.put("lOCodeAndComment", "LOC_CODE_AND_COMMENT"); 
    66                 attributeNameMap.put("uniq_Op", "NUM_UNIQUE_OPERATORS"); 
    67                 attributeNameMap.put("uniq_Opnd", "NUM_UNIQUE_OPERANDS"); 
    68                 attributeNameMap.put("total_Op", "NUM_OPERATORS"); 
    69                 attributeNameMap.put("total_Opnd", "NUM_OPERANDS"); 
    70                 attributeNameMap.put("v", "HALSTEAD_VOLUME"); 
    71                 attributeNameMap.put("l", "HALSTEAD_LENGTH"); 
    72                 attributeNameMap.put("d", "HALSTEAD_DIFFICULTY"); 
    73                 attributeNameMap.put("e", "HALSTEAD_EFFORT"); 
    74                 attributeNameMap.put("b", "HALSTEAD_ERROR_EST"); 
    75                 attributeNameMap.put("t", "HALSTEAD_PROG_TIME"); 
    76                 attributeNameMap.put("branchCount", "BRANCH_COUNT"); 
    77                 attributeNameMap.put("v(g)", "CYCLOMATIC_COMPLEXITY"); 
    78                 attributeNameMap.put("iv(g)", "DESIGN_COMPLEXITY"); 
    79  
    80                 attributeNameMap.put("defects", "bug"); 
    81                 attributeNameMap.put("Defective", "bug"); 
    82                 attributeNameMap.put("problems", "bug"); 
    83                 attributeNameMap.put("label", "bug"); 
    84  
    85                 // build list with normalized attribute order 
    86                 attributeOrder = new LinkedList<>(); 
    87  
    88                 attributeOrder.add("LOC_TOTAL"); 
    89                 attributeOrder.add("LOC_EXECUTABLE"); 
    90                 attributeOrder.add("LOC_COMMENTS"); 
    91                 attributeOrder.add("LOC_CODE_AND_COMMENT"); 
    92                 attributeOrder.add("NUM_UNIQUE_OPERATORS"); 
    93                 attributeOrder.add("NUM_UNIQUE_OPERANDS"); 
    94                 attributeOrder.add("NUM_OPERATORS"); 
    95                 attributeOrder.add("NUM_OPERANDS"); 
    96                 attributeOrder.add("HALSTEAD_VOLUME"); 
    97                 attributeOrder.add("HALSTEAD_LENGTH"); 
    98                 attributeOrder.add("HALSTEAD_DIFFICULTY"); 
    99                 attributeOrder.add("HALSTEAD_EFFORT"); 
    100                 attributeOrder.add("HALSTEAD_ERROR_EST"); 
    101                 attributeOrder.add("HALSTEAD_PROG_TIME"); 
    102                 attributeOrder.add("BRANCH_COUNT"); 
    103                 attributeOrder.add("CYCLOMATIC_COMPLEXITY"); 
    104                 attributeOrder.add("DESIGN_COMPLEXITY"); 
    105                 attributeOrder.add("bug"); 
    106         } 
    107  
    108         /* 
    109          * (non-Javadoc) 
    110          *  
    111          * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.SingleVersionLoader#load(java.io.File) 
    112          */ 
    113         @Override 
    114         public Instances load(File file) { 
    115                 BufferedReader reader; 
    116                 Instances data; 
    117                 try { 
    118                         reader = new BufferedReader(new FileReader(file)); 
    119                         data = new Instances(reader); 
    120                         reader.close(); 
    121                 } catch (IOException e) { 
    122                         throw new RuntimeException("Error reading data", e); 
    123                 } 
    124  
    125                 // setting class attribute 
    126                 data.setClassIndex(data.numAttributes() - 1); 
    127  
    128                 // normalize attribute names 
    129                 for (int i = 0; i < data.numAttributes(); i++) { 
    130                         String mapValue = attributeNameMap.get(data.attribute(i).name()); 
    131                         if (mapValue != null) { 
    132                                 data.renameAttribute(i, mapValue); 
    133                         } 
    134                 } 
    135  
    136                 // determine new attribute order (unwanted attributes are implicitly 
    137                 // removed 
    138                 String orderString = ""; 
    139                 for (String attName : attributeOrder) { 
    140                         for (int i = 0; i < data.numAttributes(); i++) { 
    141                                 if (attName.equals(data.attribute(i).name())) { 
    142                                         orderString += (i + 1) + ","; 
    143                                 } 
    144                         } 
    145                 } 
    146                 orderString = orderString.substring(0, orderString.length() - 1); 
    147  
    148                 String relationName = data.relationName(); 
    149                 String[] options = new String[2]; 
    150                 options[0] = "-R"; 
    151                 options[1] = orderString; 
    152                 Reorder reorder = new Reorder(); 
    153                 try { 
    154                         reorder.setOptions(options); 
    155                         reorder.setInputFormat(data); 
    156                         data = Filter.useFilter(data, reorder); 
    157                 } catch (Exception e) { 
    158                         throw new RuntimeException("Error while reordering the data", e); 
    159                 } 
    160                 if (data.numAttributes() != attributeOrder.size()) { 
    161                         throw new RuntimeException( 
    162                                         "Invalid number of attributes; filename: " + file.getName()); 
    163                 } 
    164  
    165                 // normalize bug nominal values 
    166                 Add add = new Add(); 
    167                 add.setAttributeIndex("last"); 
    168                 add.setNominalLabels("0,1"); 
    169                 add.setAttributeName("bug-new"); 
    170                 try { 
    171                         add.setInputFormat(data); 
    172                         data = Filter.useFilter(data, add); 
    173                 } catch (Exception e) { 
    174                         throw new RuntimeException( 
    175                                         "Error while normalizing the bug nonminal values", e); 
    176                 } 
    177                 data.setRelationName(relationName); 
    178  
    179                 double classValue; 
    180  
    181                 String firstValue = data.classAttribute().enumerateValues() 
    182                                 .nextElement().toString(); 
    183                 if (firstValue.equals("Y") || firstValue.equals("yes") 
    184                                 || firstValue.equals("true")) { 
    185                         classValue = 0.0; 
    186                 } else { 
    187                         classValue = 1.0; 
    188                 } 
    189  
    190                 for (int i = 0; i < data.numInstances(); i++) { 
    191                         if (data.instance(i).classValue() == classValue) { 
    192                                 data.instance(i).setValue(data.classIndex() + 1, 1.0); 
    193                         } else { 
    194                                 data.instance(i).setValue(data.classIndex() + 1, 0.0); 
    195                         } 
    196                 } 
    197  
    198                 int oldClassIndex = data.classIndex(); 
    199                 data.setClassIndex(oldClassIndex + 1); 
    200                 data.deleteAttributeAt(oldClassIndex); 
    201  
    202                 return data; 
    203         } 
    204  
    205         /* 
    206         * (non-Javadoc) 
    207         *  
    208         * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
    209         * filenameFilter(java.lang.String) 
    210         */ 
    211         @Override 
    212         public boolean filenameFilter(String filename) { 
    213                 return filename.endsWith(".arff"); 
    214         } 
     38    /** 
     39     * used to map attributes the same attribute with different names to each other 
     40     */ 
     41    Map<String, String> attributeNameMap; 
     42 
     43    /** 
     44     * used to ensure that the attribute order is the same after loading 
     45     */ 
     46    List<String> attributeOrder; 
     47 
     48    /** 
     49     * Constructor. Creates a new NasaARFFLoader. 
     50     */ 
     51    public NasaARFFLoader() { 
     52        attributeNameMap = new HashMap<>(); 
     53 
     54        // Map entries for ar project 
     55        attributeNameMap.put("total_loc", "LOC_TOTAL"); 
     56        attributeNameMap.put("comment_loc", "LOC_COMMENTS"); 
     57        attributeNameMap.put("code_and_comment_loc", "LOC_CODE_AND_COMMENT"); 
     58        attributeNameMap.put("executable_loc", "LOC_EXECUTABLE"); 
     59        attributeNameMap.put("unique_operands", "NUM_UNIQUE_OPERANDS"); 
     60        attributeNameMap.put("unique_operators", "NUM_UNIQUE_OPERATORS"); 
     61        attributeNameMap.put("total_operands", "NUM_OPERANDS"); 
     62        attributeNameMap.put("total_operators", "NUM_OPERATORS"); 
     63        attributeNameMap.put("halstead_length", "HALSTEAD_LENGTH"); 
     64        attributeNameMap.put("halstead_volume", "HALSTEAD_VOLUME"); 
     65        attributeNameMap.put("halstead_difficulty", "HALSTEAD_DIFFICULTY"); 
     66        attributeNameMap.put("halstead_effort", "HALSTEAD_EFFORT"); 
     67        attributeNameMap.put("halstead_error", "HALSTEAD_ERROR_EST"); 
     68        attributeNameMap.put("halstead_time", "HALSTEAD_PROG_TIME"); 
     69        attributeNameMap.put("branch_count", "BRANCH_COUNT"); 
     70        attributeNameMap.put("cyclomatic_complexity", "CYCLOMATIC_COMPLEXITY"); 
     71        attributeNameMap.put("design_complexity", "DESIGN_COMPLEXITY"); 
     72 
     73        // Map entries for KC2 
     74        attributeNameMap.put("loc", "LOC_TOTAL"); 
     75        attributeNameMap.put("lOCode", "LOC_EXECUTABLE"); 
     76        attributeNameMap.put("lOComment", "LOC_COMMENTS"); 
     77        attributeNameMap.put("lOCodeAndComment", "LOC_CODE_AND_COMMENT"); 
     78        attributeNameMap.put("uniq_Op", "NUM_UNIQUE_OPERATORS"); 
     79        attributeNameMap.put("uniq_Opnd", "NUM_UNIQUE_OPERANDS"); 
     80        attributeNameMap.put("total_Op", "NUM_OPERATORS"); 
     81        attributeNameMap.put("total_Opnd", "NUM_OPERANDS"); 
     82        attributeNameMap.put("v", "HALSTEAD_VOLUME"); 
     83        attributeNameMap.put("l", "HALSTEAD_LENGTH"); 
     84        attributeNameMap.put("d", "HALSTEAD_DIFFICULTY"); 
     85        attributeNameMap.put("e", "HALSTEAD_EFFORT"); 
     86        attributeNameMap.put("b", "HALSTEAD_ERROR_EST"); 
     87        attributeNameMap.put("t", "HALSTEAD_PROG_TIME"); 
     88        attributeNameMap.put("branchCount", "BRANCH_COUNT"); 
     89        attributeNameMap.put("v(g)", "CYCLOMATIC_COMPLEXITY"); 
     90        attributeNameMap.put("iv(g)", "DESIGN_COMPLEXITY"); 
     91 
     92        attributeNameMap.put("defects", "bug"); 
     93        attributeNameMap.put("Defective", "bug"); 
     94        attributeNameMap.put("problems", "bug"); 
     95        attributeNameMap.put("label", "bug"); 
     96 
     97        // build list with normalized attribute order 
     98        attributeOrder = new LinkedList<>(); 
     99 
     100        attributeOrder.add("LOC_TOTAL"); 
     101        attributeOrder.add("LOC_EXECUTABLE"); 
     102        attributeOrder.add("LOC_COMMENTS"); 
     103        attributeOrder.add("LOC_CODE_AND_COMMENT"); 
     104        attributeOrder.add("NUM_UNIQUE_OPERATORS"); 
     105        attributeOrder.add("NUM_UNIQUE_OPERANDS"); 
     106        attributeOrder.add("NUM_OPERATORS"); 
     107        attributeOrder.add("NUM_OPERANDS"); 
     108        attributeOrder.add("HALSTEAD_VOLUME"); 
     109        attributeOrder.add("HALSTEAD_LENGTH"); 
     110        attributeOrder.add("HALSTEAD_DIFFICULTY"); 
     111        attributeOrder.add("HALSTEAD_EFFORT"); 
     112        attributeOrder.add("HALSTEAD_ERROR_EST"); 
     113        attributeOrder.add("HALSTEAD_PROG_TIME"); 
     114        attributeOrder.add("BRANCH_COUNT"); 
     115        attributeOrder.add("CYCLOMATIC_COMPLEXITY"); 
     116        attributeOrder.add("DESIGN_COMPLEXITY"); 
     117        attributeOrder.add("bug"); 
     118    } 
     119 
     120    /* 
     121     * (non-Javadoc) 
     122     *  
     123     * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.SingleVersionLoader#load(java.io.File) 
     124     */ 
     125    @Override 
     126    public Instances load(File file) { 
     127        BufferedReader reader; 
     128        Instances data; 
     129        try { 
     130            reader = new BufferedReader(new FileReader(file)); 
     131            data = new Instances(reader); 
     132            reader.close(); 
     133        } 
     134        catch (IOException e) { 
     135            throw new RuntimeException("Error reading data", e); 
     136        } 
     137 
     138        // setting class attribute 
     139        data.setClassIndex(data.numAttributes() - 1); 
     140 
     141        // normalize attribute names 
     142        for (int i = 0; i < data.numAttributes(); i++) { 
     143            String mapValue = attributeNameMap.get(data.attribute(i).name()); 
     144            if (mapValue != null) { 
     145                data.renameAttribute(i, mapValue); 
     146            } 
     147        } 
     148 
     149        // determine new attribute order (unwanted attributes are implicitly 
     150        // removed 
     151        String orderString = ""; 
     152        for (String attName : attributeOrder) { 
     153            for (int i = 0; i < data.numAttributes(); i++) { 
     154                if (attName.equals(data.attribute(i).name())) { 
     155                    orderString += (i + 1) + ","; 
     156                } 
     157            } 
     158        } 
     159        orderString = orderString.substring(0, orderString.length() - 1); 
     160 
     161        String relationName = data.relationName(); 
     162        String[] options = new String[2]; 
     163        options[0] = "-R"; 
     164        options[1] = orderString; 
     165        Reorder reorder = new Reorder(); 
     166        try { 
     167            reorder.setOptions(options); 
     168            reorder.setInputFormat(data); 
     169            data = Filter.useFilter(data, reorder); 
     170        } 
     171        catch (Exception e) { 
     172            throw new RuntimeException("Error while reordering the data", e); 
     173        } 
     174        if (data.numAttributes() != attributeOrder.size()) { 
     175            throw new RuntimeException("Invalid number of attributes; filename: " + file.getName()); 
     176        } 
     177 
     178        // normalize bug nominal values 
     179        Add add = new Add(); 
     180        add.setAttributeIndex("last"); 
     181        add.setNominalLabels("0,1"); 
     182        add.setAttributeName("bug-new"); 
     183        try { 
     184            add.setInputFormat(data); 
     185            data = Filter.useFilter(data, add); 
     186        } 
     187        catch (Exception e) { 
     188            throw new RuntimeException("Error while normalizing the bug nonminal values", e); 
     189        } 
     190        data.setRelationName(relationName); 
     191 
     192        double classValue; 
     193 
     194        String firstValue = data.classAttribute().enumerateValues().nextElement().toString(); 
     195        if (firstValue.equals("Y") || firstValue.equals("yes") || firstValue.equals("true")) { 
     196            classValue = 0.0; 
     197        } 
     198        else { 
     199            classValue = 1.0; 
     200        } 
     201 
     202        for (int i = 0; i < data.numInstances(); i++) { 
     203            if (data.instance(i).classValue() == classValue) { 
     204                data.instance(i).setValue(data.classIndex() + 1, 1.0); 
     205            } 
     206            else { 
     207                data.instance(i).setValue(data.classIndex() + 1, 0.0); 
     208            } 
     209        } 
     210 
     211        int oldClassIndex = data.classIndex(); 
     212        data.setClassIndex(oldClassIndex + 1); 
     213        data.deleteAttributeAt(oldClassIndex); 
     214 
     215        return data; 
     216    } 
     217 
     218    /* 
     219    * (non-Javadoc) 
     220    *  
     221    * @see de.ugoe.cs.cpdp.loader.AbstractFolderLoader.SingleVersionLoader# 
     222    * filenameFilter(java.lang.String) 
     223    */ 
     224    @Override 
     225    public boolean filenameFilter(String filename) { 
     226        return filename.endsWith(".arff"); 
     227    } 
    215228 
    216229} 

  • trunk/CrossPare/src/de/ugoe/cs/cpdp/loader/SingleVersionLoader.java

    r4 r41  
     1// Copyright 2015 Georg-August-Universität Göttingen, Germany 
     2// 
     3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); 
     4//   you may not use this file except in compliance with the License. 
     5//   You may obtain a copy of the License at 
     6// 
     7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 
     8// 
     9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software 
     10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, 
     11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. 
     12//   See the License for the specific language governing permissions and 
     13//   limitations under the License. 
     14 
    115package de.ugoe.cs.cpdp.loader; 
    216 
    … …  
    620 
    721/** 
    8  * Interface for version loaders, i.e., loading of a set of instances from a 
    9  * file 
     22 * Interface for version loaders, i.e., loading of a set of instances from a file 
    1023 *  
    1124 * @author Steffen Herbold 
    … …  
    1326public interface SingleVersionLoader { 
    1427 
    15         /** 
    16         * Loads the instances. 
    17         *  
    18         * @param file 
    19         *            handle to the file of the instances 
    20         * @return the instances 
    21         */ 
    22         Instances load(File file); 
     28    /** 
     29    * Loads the instances. 
     30    *  
     31    * @param file 
     32    *            handle to the file of the instances 
     33    * @return the instances 
     34    */ 
     35    Instances load(File file); 
    2336 
    24         /** 
    25          * Defines a filter for the files to be loaded; only strings that end with 
    26          * the filter are considered. 
    27         *  
    28         * @param filename 
    29         *            string defining the filename filter 
    30         * @return true if a filename shall be considered 
    31         */ 
    32         boolean filenameFilter(String endsWith); 
     37    /** 
     38     * Defines a filter for the files to be loaded; only strings that end with the filter are 
     39     * considered. 
     40    *  
     41    * @param filename 
     42    *            string defining the filename filter 
     43    * @return true if a filename shall be considered 
     44    */ 
     45    boolean filenameFilter(String endsWith); 
    3346} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.